社会组织的下设机构有违法行为，可否直接处罚下设机构？

不可以。

《社会团体登记管理条例》第十九条规定：社会团体的分支机构、代表机构是社会团体的组成部分，不具有法人资格，应当按照其所属的社会团体的章程所规定的宗旨和业务范围，在该社会团体授权的范围内开展活动、发展会员。基金会的下设机构的法律地位与此相同。正是因为下设机构不具备独立的法人资格，所以行政处罚的相对人不可以是分支机构和代表机构等社会组织下设机构，而应由社会组织来承担相应的法律责任。