对于严重违法的社会团体专项基金管理机构应当怎样处罚？

社会团体未经登记擅自设立专项基金管理机构的，或专项基金管理机构在业务活动中违法国家有关规定的，登记管理机关应当依据《社会团体登记管理条例》第三十三条的规定，视其情节对社会团体给予警告、限期停止活动、责令撤换直接负责的主管人员、没收违法营业额或违法所得、罚款，直至撤销登记的行政处罚，构成犯罪的，依法追究刑事责任。

应当注意的是，社会团体专项基金管理机构不是独立的法人，所以其法律责任应由设立其的社会团体来承担。