2006年5月9日-10日，交通部在北京组织召开“长江口深水航道治理工程成套技术”科技成果鉴定会。原全国政协副主席、中国工程院院士钱正英出席会议，交通部部长李盛霖在会上致词，副部长翁孟勇主持了鉴定会的开幕式。中国国际工程咨询公司常务副总经理胡希捷、有关专家学者、国家发改委、国家科学技术奖励办公室、交通部有关司局以及该工程十几个项目承担单位的代表参加了此次会议。
鉴定委员会由包括钱正英、潘家铮、周干峙、刘济舟、邱大洪、陈吉余、周君亮、梁应辰、李京文等9位院士在内的24位专家组成。中国科学院院士、中国工程院院士潘家铮任主任委员，交通部总工程师、交通部专家委员会委员曹右安和水利部原总工程师高安泽任副主任委员。
鉴定委员会审阅了《长江口深水航道治理工程成套技术（总报告）》及有关附件，观看了工程录像，听取了成果完成单位代表、交通部长江口航道管理局总工程师范期锦关于成套技术科技成果的介绍，经认真讨论，提出了鉴定意见。
鉴定委员会指出，长江口深水航道治理工程自上世纪50年代末即已开始现场勘测和试验研究。通过7m水深航槽的开挖维护和“八五”期间的多学科联合攻关，论证了选择南港北槽作为深水航道进行整治开发的技术可行性。经国家批准，工程于1998年初开工并分期实施。一、二期工程共建设导堤、丁坝等整治建筑物141.48km，疏浚土方9103万方，工程总投资87.96亿元。一、二期工程已分别于2002年9月和2005年11月通过竣工验收，建成并成功维护了通航水深10.0m、底宽350～400m、长74.47km的双向航道。
鉴定委员会认为，长江口属丰水多沙、多级分汊、滩槽交错、潮流径流交互作用的巨型复杂河口，整治难度极大，国外尚无类似河口深水航道整治的成功经验。工程的首要关键技术是科学论证深水航道的航槽定线和治理工程的总体布置方案。通过长期的勘测资料分析和物理模型、数学模型等深入的试验研究，在基本掌握水沙运动特点和河床演变规律的基础上，提出了“在长江口总体河势基本稳定的条件下，可以选择北槽先期进行工程治理”的科学论断，制定了“中水位整治、稳定分流口、采用宽间距双导堤加长丁坝群，结合疏浚工程” 的总体治理方案。一、二期工程的建设和运行实践表明，对于长江口这样的巨型复杂河口来说，上述总体治理方案是国内外河口治理和深水航道建设前所未有的成功范例和重大创新。
鉴定委员会对长江口深水航道治理一、二期工程中取得的一系列的重要科研成果和技术创新成果进行了评价，对其中的重大关键技术进行了总结，主要有：
1、全沙模型相似理论和旋转流场模拟等物理模型试验技术，考虑径流、潮流、波浪和盐水等多因素共同作用的全沙数学模型，航道回淤预测数学模型，软粘土地基在波浪重复荷载作用下软化的加固处理技术等，均属国内外首创的科技成果。
2、航槽护底软体排结构及材料，充沙半圆体、半圆形沉箱、空心方块等导堤结构，大型软体排铺设专用船，座底式基床抛石整平船，连锁块成片预制船上成型工艺等等，均属原始创新或集成创新的新结构、新工艺和新设备。
3、无验潮水下地形测量、长江口高程异常网等新技术的研发和应用，大批专用工程船舶的开发，不但克服了远离陆域、水上作业的困难，保证了工程质量和生产安全，加快了施工进度，而且带动了水运工程全行业的技术进步。
鉴定委员会指出，一期工程8.5米水深航道于2001年建成并投入使用；2004年5月10日宣布按9.0m水深通航；二期工程10米水深航道于2005年6月17日建成并投入使用，至今实现了100％的通航水深保证率。项目分阶段目标水深的逐步实现，已经带来并将继续发挥巨大的经济效益和社会效益，投资效益极其显著。进出长江口船舶的大型化、船舶航行速度和安全性的提高、运输成本的降低、运输组织的改善和服务品质的优化，不仅使相关产业直接得益，而且还促进了沿江地区的社会经济特别是对外贸易和相关产业的发展。通过长江口的货运量特别是集装箱运输量迅猛增长，在实现党的十四大提出的“以浦东开发开放为龙头，进一步开放长江沿岸城市，尽快把上海建成国际经济、金融、贸易中心，带动长江三角洲和整个长江流域地区经济的新飞跃”的进程中，深水航道工程已起到了重要的支撑作用，工程实施中未发现负面效应。
鉴定委员会还对长江口深水航道治理工程下一步工作提出了建议，主要有：
1、在继续开展现场检测和相应的科研工作的同时，要密切关注长江径流和泥沙的变化给长江口带来的影响。
2、鉴于工程上游南北港分流口河段河势存在不稳定因素，建议抓紧实施白茆沙整治工程和南北港分流口整治工程。继续进行长江口深水航道后续治理工程的研究。
3、及时总结吹泥上滩工程的经验和存在问题，积极推进疏浚土有益利用工作，为发展循环经济，保护生态环境，加快建设资源节约型和环境友好型社会作出应有的贡献。
鉴定委员会认为，长江口深水航道治理工程决策正确，实现了理论、技术和工程管理的全面创新，效益巨大。该工程已经并将继续为长江黄金水道建设、沿江港口发展、长江口综合治理开发以及长江三角洲和长江流域经济社会的发展发挥显著的推动作用。长江口深水航道治理工程的成套技术，是一、二期工程成功建设的重要保障，是我国河口治理和水运事业的伟大创举，是世界上巨型复杂河口航道治理的成功范例，该项科技成果总体上居于国际领先水平。
