科技部“水污染控制技术与治理工程”重大科技专项实施三年多来，共开发了11项技术含量高、应用前景广的核心技术，申请421项发明专利，编制了各类水污染控制标准14项，建设了上百项较大规模的示范工程，形成了4个水污染控制技术研发基地，初步建立了水污染治理自主创新技术体系，带动了我国水污染控制整体技术水平的提高。培养了83名博士后、360名博士研究生、637名硕士研究生和一批具有国际影响的中青年学术带头人，形成了一支高水平的水污染控制科技研发队伍。

    专项取得的部分成果已经开始在我国水污染控制中发挥重要作用，一些水环境建设和规划新理念已得到广泛认同和采用，产生了重要的社会影响和技术带动作用。例如，太湖示范区内水质得到明显改善，水生生态系统功能得到初步恢复，带动了无锡市五里湖周边的经济发展；武汉城市水环境质量改善课题的实施，催生了武汉汉阳新区的建设和发展，促进了武汉以水为核心的城市建设新思路和规划的形成；饮用水安全保障课题的实施，为我国解决不同地区城市饮用水污染问题提供了技术支撑。特别是对松花江污染事件发生后的哈尔滨市恢复供水和松花江污染后续治理做出了重要贡献。