6月20日，广东省卫生厅通报，出入境检验检疫机构入境检疫发现并转交5例甲型H1N1流感确诊病例。6月23日，国家质检总局通报了所属深圳检验检疫局在入境检疫时发现上述5例病例并及时转交地方卫生部门隔离诊治的经过。
通报称，患者，男性，14岁，美国籍。从美国三藩市乘坐CX879航班抵达香港机场，于6月18日晚21时55分乘坐粤Z GH17港商务车经皇岗口岸入境。患者入境时体温检测正常，深圳检验检疫局现场检疫人员在医学巡查的过程中，发现该患者咽部充血、扁桃体Ⅰ°肿大。流行病学调查结果显示该患者入境前有头痛、咳嗽等症状。现场检疫人员立即将患者转送指定医院隔离诊治。
6月19日，深圳检验检疫局医学实验室、深圳市疾控中心均报告患者甲型H1N1流感病毒核酸阳性。 6月20日，广东省卫生厅通报，该患者为输入性甲型H1N1流感确诊病例。
另外4例确诊病例来自两个同行来深的印尼家庭。其中两人为兄妹，另两人为姐弟，包括他们父母一行共8人，均为印尼籍，于6月16日从印尼乘坐AK381航班抵达香港，6月17日乘坐TRALEL号班轮抵达澳门，6月18日18时从澳门乘坐XGA107班轮抵达蛇口口岸客运码头。口岸检疫人员发现四名患者体温异常增高，分别为37.8℃、39.2℃、38.6℃、38.2℃（均为腋温）。4名患者的《健康申明表》均申明无任何不适，医学检查两名女性患者面色潮红，其余未见异常。鉴于4人来自疫区、发热，口岸检疫人员立即按规定将其转送深圳市第三医院隔离治疗。同时将其密切接触者4人移交地方卫生部门实施指定地点医学观察，同船所有人员登记信息交地方卫生部门。
6月19日，深圳检验检疫局医学实验室、深圳市疾控中心均报告患者甲型H1N1流感病毒核酸阳性。6月20日，广东省卫生厅通报，该4名患者为输入性甲型H1N1确诊病例。
