2009年7月6日，卫生部召开京内部属（管）单位主要领导、专项治理办公室主任、财务处长和部机关各司局综合处负责人等150 余人参加的“小金库”专项治理和财务重点检查部署工作会。部治理“小金库”和财务检查领导小组办公室成员、规划财务司副巡视员王玉洵同志主持会议，部治理“小金库”和财务检查领导小组办公室成员、规划财务司副司长何锦国同志通报了今年4月份以来，卫生部党组及各部属（管）单位开展“小金库”专项治理和财务检查工作的进展情况。主要是部党组高度重视，主要领导亲自批示；各单位积极行动，周密部署，全面动员；成立领导小组和工作机构，研究细化工作方案，认真落实部门责任；采取多种形式，广泛深入地开展宣传工作；组织督导检查，加大自查自纠力度；采取有效措施，推进专项治理。经过一个多月的自查自纠，“小金库”专项治理和财务检查取得了阶段性明显成效。一是对“小金库”专项治理和财务检查工作的认识显著提高，自觉性不断增强，为从源头上治理“小金库”奠定了思想基础。二是部分存在“小金库”的单位，通过自查自纠进行了清理。三是为下一步整改工作奠定了基础。通过专项治理，梳理出财务管理的薄弱环节和存在的隐患，为整改工作提供了内容，确定了目标和方向。何锦国副司长指出,“小金库”专项治理和财务检查工作中存在的主要问题，一是工作开展不平衡，个别单位对专项治理认识不到位，工作力度不够。二是财务管理仍有漏洞，监督管理不到位。三是思想意识有淡化倾向，存在“年年查，年年清”的厌烦情绪，宣传教育尚需加强。

    中央治理“小金库”重点检查组成员李冬生同志宣读了进驻卫生部进行重点检查的通知。明确提出此次重点检查将与规范津贴补贴、经费来源核查、行政事业单位预算资产财务综合检查、清理向企业转嫁、摊派、报销费用，以及行政事业单位使用假发票治理等工作相结合，必要时将追溯以前年度或延伸检查有关单位。中央治理“小金库”检查组组长、卫生药品审计局局长钱啸森到会做了重要讲话，他首先宣布中央检查组从即日起进驻卫生部，开始对卫生部及部属（管）单位进行重点检查，进驻前单位查出的问题仍按自查自纠政策执行，进驻后则属于被查。他强调指出，重点检查是“小金库”专项治理的关键阶段，是治理“小金库”的保障和重要任务，是对自查自纠工作质量的检验，是为今后开展工作奠定基础，也是自查自纠工作的进一步深化。重点检查将严格执行“自查从宽，被查从严”的政策，要求被查单位要如实上报自查自纠情况，提供规定的材料资料和必要的工作条件。未被确定为重点检查的单位要认真组织自查自纠“回头看”，深挖细查。“回头看”查出的问题仍按自查自纠政策执行。检查组7月份对京内单位进行检查，9月份将赴京外单位检查。

    卫生部治理“小金库”和财务检查领导小组成员、部治理“小金库”和财务检查领导小组办公室主任、驻部监察局局长王大方同志对重点检查提出了明确要求，一是继续做好“小金库”专项治理和财务检查工作，特别是未确定为重点检查的单位要组织有效力量，深入部门进行重点检查，一定要做实、做细、做到位，争取通过自查发现问题，并及时进行纠正。二是积极配合中央和卫生部检查组的工作，并提供必要的工作条件。三是加强沟通，及时上报工作情况，为专项治理推介典型经验，指导工作。四是继续加强宣传教育工作。五是抓好整改落实阶段的工作。他重点强调，“小金库”问题的责任在领导，包括部门和科室领导，各单位要强化财务管理，要根据国家的财经政策，结合不同单位，分析“小金库”产生和存在的不同原因，有针对性地分别健全管理制度。各单位领导要召开部门、科室负责人会议，将“小金库”问题弄明白、讲清楚、落实责任，努力从源头上杜绝“小金库”问题。

    会上还要求各单位对投资、出租、出借、食品外销、护理服务、资产处置、收取的押金、科研课题、临床观察、委托业务、成果转让等的合同、协议、规定及收入处理等进行认真清理，发现问题，及时上报。