2009年是中国水产科学研究院中长期发展规划的贯彻落实年。水科院在农业部的正确领导下，以党的十七大、十七届三中、四中全会和中央农村工作会议、全国农业工作会议精神为指导，按照“坚持产业导向，突出自主创新，加强推广应用，促进和谐发展”的工作方针，扎实开展各项科研工作，取得了丰硕的科研成果。

    水科院全年共获得各级科技奖励63项次（作为第一完成单位）。其中， “鲟鱼繁育及养殖产业化技术与应用”、 “罗非鱼产业良种化、规模化、加工现代化的关键技术创新及应用”2项科技成果荣获国家科技进步二等奖，“海水养殖鱼类遗传资源发掘与推广应用”等8项科技成果荣获中华农业科技奖；共有38项成果获省部级奖励，接近2008年省部级以上奖励数的2倍。

    2009年，水科院围绕产业关注的六大重点领域和关键技术加强重大成果培育，进一步发挥院学术委员会的指导作用，推动学科、计划与成果的整体运作，制定完善了全院重大成果培育计划，提出了“十一五”后两年重大成果培育的重点领域和方向。为建立健全成果集成培育机制，水科院制定了《关于加强全院国家级科技奖励管理工作的意见》，实行重大奖励申报工作计划，建立起全院重大奖励沟通协调机制及院务委员会审议机制。同时，通过前期介入，水科院进一步加强分析研究，加强与主管部门沟通交流，加强对重点项目的审核把关，认真参与重点材料的组织编写。通过采取组织召开预评审和答辩会等具体措施，为全院科技奖励取得丰硕成果奠定了重要基础。