8月16日下午，卫生部尹力副部长在舟曲灾区现场考察指导医疗服务和卫生防疫工作后，又到舟曲县妇幼保健站、疾病预防控制中心和卫生监督所详细了解了医疗卫生机构受损情况，要求当地卫生部门做好因灾损失情况评估，科学编制恢复重建规划。

    16日晚，尹力主持召开了现场卫生防疫工作会议。在听取相关方面工作汇报后，尹力强调，一定要持续做好灾区公共卫生风险评估，结合实际情况不断完善卫生防疫工作方案，重点加强传染病预防控制、食品饮水卫生保障和病媒生物防制，科学开展环境消杀灭工作，严防传染病暴发流行和突发公共卫生事件发生。

    中国疾病预防控制中心紧急向灾区调运了食品卫生、水质以及霍乱等传染病的快速检测设备和试剂共7箱，甘肃省卫生厅紧急采购了100万元的病原微生物检测设备，均于17日抵达灾区投入使用，有效保障了灾区的食品、饮水和病原微生物检测工作。甘肃省卫生厅组织成立督查组，对灾区分成23个片区开展了消杀灭工作的检查指导，确保消杀工作科学规范、不留死角。目前，灾区已设立3个疫苗接种点，开展预防接种工作，并根据灾区传染病疫情防控需要，于8月16日下午启动了6岁以下儿童甲肝疫苗应急接种工作。卫生部防疫专家组对灾区4个大量积水地的蚊幼虫进行了采样检测，并根据检测评估结果提出了蚊虫控制措施建议，指导灾区卫生部门做好病媒生物防制工作。

    截至8月17日16时，累计救治伤员2321人，其中死亡1人，现住院治疗72人，治愈出院50人，医疗队和门诊治疗2198人。灾区医疗服务点累计诊治病人5067人次。灾区累计开展心理援助1530人次，消杀灭面积238.25万平方米，消毒水源121点次，检测食品和饮用水175份，监督检查餐饮单位40家，发放防病宣传材料13.08万份。灾区无重大传染病疫情和突发公共卫生事件报告。

    目前共有34支532名军地医疗卫生救援队员在灾区开展工作。