１９９２年，海协会与海基会在香港就两岸事务性商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“九二共识”，为海协会和海基会的商谈奠定了基础。

    １９９３年４月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自１９４９年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。“汪辜会谈”签署了《汪辜会谈共同协议》等４项协议，推动了两岸经贸往来和民间交流的发展。此后，双方又举行了２０多次不同层级的商谈以及１９９８年在上海举行的“汪辜会晤”。这一期间两会协商取得的成果，受到了两岸同胞的欢迎和国际社会的肯定。

    １９９９年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈被迫中断。

    ２００８年６月，海协会与海基会在北京展开商谈。陈云林就继续推进两会协商交往提出三点意见。海协会与海基会就双方互设办事处达成共识。两会领导人签署两岸包机会谈纪要与大陆居民赴台湾旅游协议。这是两会领导人十年来的首次会谈，标志着中断九年的两会制度化协商正式恢复。

    ２００８年１１月４日，海峡两岸关系协会会长陈云林与台湾海峡交流基金会董事长江丙坤在台北举行会谈。双方就两岸空运直航、海运直航、邮政合作、食品安全等议题进行了商谈，就继续促进大陆居民赴台湾旅游、合作应对国际金融危机、加强两岸经济交往开展了对话，并就下一阶段两会协商议题、加强会务联系、开展交流合作等事宜交换了意见。

     四项议题取得重要共识

     两会签署四项协议 两岸“三通”大步迈进

    ２００９年４月２６日，海峡两岸关系协会会长陈云林与台湾海峡交流基金会董事长江丙坤在南京紫金山庄举行两会恢复协商以来的第三次会谈。双方就两岸空中定期航班、两岸金融合作、两岸共同打击犯罪及司法互助等议题进行了商谈，就大陆资本赴台投资事宜交换意见，并讨论了下半年两会协商议题规划、加强会务联系与交流合作等事宜。

     海峡两岸金融合作协议

     海峡两岸空运补充协议

     海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议