１９６０年到１９６４年，为了贯彻国民经济调整的方针，进行了建国后的第三次较大机构改革。

    一是先后在中央和地方各级机关进行了两次比较集中的干部精简运动。第一次是１９６０年７月至１９６１年９月，主要集中在中央一级机关。这次干部精简以事业单位为重点，对行政部门和事业单位同时进行精简。经过一年多的努力，在机构方面，中央各部门司局级机关减少１５％，事业单位减少２６％；行政机关精简１．６万余人，事业单位精简６．５万余人。第二次精简从１９６２年２月至１９６４年，范围包括中央和地方各级机关。经过近两年时间的努力，中央国家机关在１９６１年精简的基础上，又精简了１万人。全国共精简８１万人。精简下来的干部大多数充实到基层和生产第一线。

    二是中央收回五十年代后期下放给地方的权力并恢复被撤销的机构，到１９６５年底，国务院的机构数达到７９个，为建国后的第二次高峰。