第一次全国政府网站普查工作主要包括以下流程：

1.各填报单位下载安装“全国政府网站信息报送客户端”软件（以下简称客户端软件）。

2.各填报单位在客户端软件中填写《政府网站基本信息表》、《政府网站栏目（系统）基本信息表》，并生成电子版文件。

3.各填报单位将生成的电子版文件发送到相对应的组织单位。

4.各组织单位在报送系统中导入并审核本地区、本部门上报的政府网站和栏目（系统）基本信息，逐级审核上报。

5.各省（自治区、直辖市）政府办公厅、国务院各部门办公厅（室）在审核通过政府网站和栏目（系统）基本信息后，系统会自动为每个网站生成唯一的“网站标识码”和“校验码”，并通过电子邮件通知“政府网站基本信息表”中填写的负责人和联系人。

6.各填报单位对照评分指标，进行自查整改。整改完成后通过“网站标识码”和“校验码”登录客户端软件，填写该网站的自查评分信息并保存提交。

7.各组织单位登录报送系统，对本地区、本部门网站进行检查，检查范围包括本级部门填报的网站、本级部门下属参照公务员法管理的事业单位网站，以及下一级组织单位的网站（包括下一级政府门户网站和下一级组织单位主办的其他网站），并向上级组织单位报送检查整改情况。各地区、各部门于8月31日前向国务院办公厅报送检查整改情况，

8.国务院办公厅根据各地区、各部门报送的政府网站有关信息，通过系统扫描和人工复核等方式开展抽查核查。

9.国务院办公厅组织召开全国政府网站信息内容建设工作交流会及区域性片会，通报普查情况，交流工作经验。