当水源被病毒污染后，首先禁止水禽再进入。对于小水体的污水，按每10升加入1%有效氯含氯消毒溶液10毫升或加漂白粉4克，混匀后作用1.5—2小时即可；较大的水体应加强管理，疫区解除封锁前严禁使用。对疫区的饮用水应检测，如有污染也要消毒处理，保证微生物指标符合《生活饮用水卫生标准》。带有病毒的水禽及其污染物进入是造成水源污染的重要原因之一，因此水禽要圈养，养禽场、屠宰场应远离水源，禽舍垃圾、水禽分泌物、排泄物以及屠宰场废弃物不得倒入水源。