中央财政十分重视对生态环境保护的投入。2006年，中央财政继续加大投入，并根据环境保护和生态建设的情况进一步调整支出方向，优化投资结构，财政资金的使用效益显著提升。一是安排环保总局年初部门预算55973.6万元，比上年增长9.6％。重点加强了环境执法监察、环境标准制定、环境监测等方面的投入；二是进一步优化中央集中的排污费资金支出方面，加大投入，加强环境监测能力建设、饮用水源地保护、区域环境安全、农村环境保护等环境保护重点领域的支出。2006年安排专项资金114000万元，比去年增长40％；三是安排中西部环境监察执法能力建设支出6000万元，比去年增长20％；四是继续安排国家级自然保护区能力建设补助资金5000万元和集约化畜禽养殖污染防治专项资金1500万元。