2003年以来，财政监督和专员办工作以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻落实部党组提出的“一、二、三、四”财政工作思路，紧紧围绕促进财政管理和深化财政改革这一中心，着力构建全方位财政监督长效机制，不断搞好日常性财政监管，深入开展中央财政收支、金融、会计和财政部门内部监督，强化财政资金的规范、安全和有效性监督,在维护国家财税法令的统一，查处严重违规违纪问题，整顿和规范市场经济秩序，规范财政监督行为，保障财政正常运行和宏观调控措施的顺利实施等方面做了大量工作，发挥了重大作用，取得了明显成效。

    一方面，坚持加强财政监督与规范财政业务管理、深化财政改革相结合，不断调整完善财政监管工作方式方法，强化对预算执行全过程的监督与追踪问效，进一步加大了事前审核、事中监控的工作力度，有效地促进了各项政策与改革的实施。一是积极服务财政国库管理制度改革，陆续承担粮库建设资金、车购税交通专项资金以及部分中央部门财政直接支（拨）付资金的初审工作；二是参与预算单位银行账户管理；三是参与“三会”派出机构、海关、出入境检验检疫局部分分支机构等部门预算编制等日常监管工作；四是参与部分专项资金的审核工作。据统计，2003年到2006年，监督检查局组织全国专员办共参与审核各类申报资金10308亿元，审核剔除不合规申报资金526亿元；征收、监缴中央非税收入1281亿元。

    另一方面，紧紧围绕财政中心工作，不断加强对重大财政宏观调控政策执行情况的监督检查，重点关注涉及人民群众切身利益的“三农”、社保等重大支出使用情况，积极开展中央财政收支、金融、会计和财政部门内部监督，充分发挥财政监督在保障财政正常运行和宏观调控措施的顺利实施、整顿和规范财经秩序等方面的作用。据统计，2003年到2006年，监督检查局组织全国专员办共查处各类有问题金额3332.84亿元，向有关部门提出处理建议771件，其中665人受到党纪政纪处分，14人被移送司法机关立案处理，114名注册会计师受到行政处罚，37户会计师事务所受到行政处罚。同时，结合监督工作加强调查研究，提出了大量的改进管理的意见和建议，有效地促进了财政管理水平的不断提高。

    经过几年的努力，初步建立了事前审核、事中监控与事后检查相结合；内外监督相结合；实时监控、综合检查、跟踪反馈相结合的全方位财政监督长效机制，一个适应中国国情的财政监督体系正在逐步形成，并向规范化、制度化方向迈进。