在公共卫生方面，2006年，中央财政在2003－2005年已安排公共卫生专项资金92亿元的基础上，继续安排公共卫生专项资金51亿元，用于支持突发公共卫生事件医疗救治体系、疾病信息网络体系、卫生执法监督体系、疾病预防控制体系建设和重大疾病预防控制工作。

    在社区卫生方面，2006年2月，国务院召开了全国城市社区卫生工作会议，并下发了《国务院关于发展城市社区卫生服务的指导意见》（国发［2006］10号），提出将发展城市社区卫生服务作为构建新型城市卫生服务体系的基础，作为有效解决城市居民看病难、看病贵问题的重要举措。会后，财政部会同有关部门研究制定了《关于城市社区卫生服务补助政策的意见》（财社［2006］61号）。文件提出了财政支持社区卫生服务发展的重点和方式，要求各级财政要加大对社区卫生服务的投入力度，财政支出重点用于社区公共卫生服务经费补助和人员培训补助。为此，中央财政将从2007年起对中、西部地区按照每人每年3、4元的标准给予补助，并对人员培训给予必要支持。同时规定，对社区卫生服务要着力完善财政补助机制，采取购买服务的方式，根据社区服务人口、社区卫生服务机构提供的公共卫生服务数量和质量以及相关成本核定社区公共卫生服务经费补助数额，从机制上激励提高社区卫生服务的效率，确保社区居民享受到货真价实的社区卫生服务。

    在农村卫生方面，财政部配合国家发改委等部门，研究制定了《农村卫生服务体系建设发展规划》，为此，各级财政将安排总投资近217亿元，其中中央安排投资近148亿元，通过加大对县医院、县中医（民族医）院、县疾病预防控制机构、县卫生执法监督机构、县妇幼保健机构、乡（镇）卫生院、村卫生室及其他卫生机构等的投入，改善农村卫生机构的基础设施条件，从而实现到2010年，建立起基本设施比较齐全的农村卫生服务网络，以满足农民群众的医疗卫生服务需求。