2006年，中央和地方都将扩大国库集中支付改革放在重要位置，加大工作力度，深化改革的预算级次，扩大改革的实施范围，巩固改革成果。大多数中央部门已将改革实施到所有基层预算单位，预算级次较多、情况复杂的部门，在2005年改革的基础上，向下级预算单位延伸，大幅度增加了改革单位数量。截至2006年底，中央各部门及所属6100多个基层预算单位实施了国库集中支付改革，实施改革的预算资金为4600多亿元。同时，将150多个实行代编预算管理的中央企业纳入国库集中支付改革范围。研究并推进中央级行政单位离退休经费、代建制单位实行国库集中支付改革，进一步扩大了改革的资金范围。2006年财政部还将农村义务教育中央专项资金纳入国库集中支付管理，在中央补助地方专项资金支付管理方面取得了重大突破，为下一步全面加强专项资金管理奠定了基础。

    2006年地方国库集中支付制度改革进度明显加快。省本级在全面推行改革的基础上，积极将改革向基层预算单位推进，并进一步扩大改革的资金范围，将政府性基金、预算外资金纳入改革范围；地市级按照改革方案的规范化要求，全面推行国库集中支付改革；县级改革积极稳妥向前推进，结合县级管理特点，推行了适合当地情况的改革；湖北、江苏、河南等省将改革延伸到乡镇。全国36个省、自治区、直辖市和计划单列市本级，270多个地市，1000多个县（区），超过16万个基层预算单位实施了国库集中支付改革。