2006年农业综合开发认真贯彻落实中央1号文件精神，抓住提高农业综合生产能力和促进农民增收两个关键，围绕建设社会主义新农村的目标，贯彻"多予少取"方针，加大投入力度，做好"以粮食主产区为重点，着力改造中低产田和中型灌区节水配套改造"和"以财政资金投资参股经营为重点，积极扶持产业化经营"两篇文章。
一、贯彻"多予少取"方针，加大投入力度
2006年，农业综合开发共投入资金366.4亿元，其中中央财政资金112.5亿元（含利用外资折合人民币7.5亿元；预算内安排资金105亿元，比上年增加8亿元，增长了8.25%），带动地方财政配套投入74.1亿元，引导农民筹资投劳、银行贷款、企业自筹资金等179.8亿元。
在"多予"的同时，还坚持"少取"。推出了核减土地治理项目有偿资金债务方案，确定从2006年－2009年，用4年时间，逐步核减2004年以前投入到农业综合开发土地治理项目中的有偿资金债务44.86亿元（从2004年起，农业综合开发取消了土地治理项目中央财政资金10%的有偿投入，改为全部无偿投入）。核减范围涉及13个粮食主产区及财力状况较差的12个中西部省份、新疆生产建设兵团和福建省，重点核减这些地区粮食主产县及国家扶贫工作重点县的有偿资金债务。
二、加强改造中低产田和中型灌区节水改造，提高农业综合生产能力
（一）资金重点投向粮食主产区
2006年，农业综合开发继续将资金向粮食主产区倾斜。中央财政共安排13个粮食主产区农业综合开发资金63.2亿元，占全部中央财政资金的60.2%，投入规模再创历史新高。其中，用于粮食主产区改善农业生产条件的资金为38.71亿元，占全国同类投入的58.7%。同时，明确规定各地要适当集中资金，加大对本地区粮食生产大县的扶持力度，着力打造"全国粮食生产核心区"，特别是加大对《国家优质粮食产业工程建设规划》重点县的扶持力度。如河南省将全省70%的农业综合开发土地治理项目财政资金，集中用于24个产粮重点开发县，并整合水利、农业、林业、交通和财政等有关资金，进行规模开发。
（二）以中低产田改造为重点，着力加强农业综合生产能力建设
目前，我国中低产田面积约占全部耕地面积的三分之二。为切实加大中低产田改造投入，财政部逐步提高了中央财政农业综合开发资金用于改造中低产田的投入比例，明确除个别生态建设任务较重的省份外，其他省（自治区、市）用于改造中低产田的财政资金，均要占到改善农业生产条件财政资金的90%以上，并鼓励粮食主产区省份将改善农业生产条件的财政资金全部用于中低产田改造。2006年，中央财政投入土地治理项目资金65.9亿元，其中61.3亿元用于中低产田改造项目，占土地治理项目中央财政资金的92.8%。预计可在全国改造中低产田2612万亩，新增粮食生产能力28.74亿公斤，棉花生产能力4600万公斤、糖料生产能力5.16亿公斤，为提高我国农业综合生产能力、保障粮食安全发挥了重要作用。
（三）加大中型灌区节水配套改造力度，为项目区生产提供可靠水源保障
除在农业综合开发部门项目中安排专项资金支持中型灌区节水配套改造项目建设外，还制定了《农业综合开发土地治理项目切块内资金安排中型灌区节水配套改造项目试点办法》，鼓励地方在切块资金内安排中型灌区节水配套改造项目。全年共计安排中央财政资金2.47亿元，立项扶持了62个中型灌区节水配套改造项目。预计项目建成后，可新增灌溉面积219万亩，改善灌溉面积439万亩，新增粮食、棉花、油料等主要农产品3.9亿公斤。
三、着力推进财政资金投资参股经营支持农业产业化经营发展
2006年，农业综合开发继续加大对产业化经营的扶持力度。全年共投入产业化经营项目资金196.9亿元，其中中央财政资金34.3亿元，比上年增加8.2亿元，增长了31.4%，成为中央财政扶持农业产业化资金的主渠道；带动地方财政配套资金22.6亿元，吸引银行贷款48.4亿元、企业自筹等资金91.6亿元。
（一）着力推进投资参股经营工作
投资参股经营试点是财政部党组为创新农业综合开发机制而提出的一项新任务。其基本做法是：将财政资金以股本形式投入产业化龙头企业，"只参股，不控股"，按股分红，适时退出，所得红利以及退出股本收益继续用于农业综合开发。这项试点从2004年开始起步，3年多来，已取得明显成效。2006年，中央财政将试点地区由2004年的8个扩大到具备条件的23个省，并将新增农业综合开发资金的97.5%用于财政资金投资参股经营，达到7.8亿元，比2005年增加3.28亿元，增长了72.56%，扶持了76个投资参股经营项目。
中央财政通过投资参股的引导作用，有效吸引和带动信贷资金等其它社会资金投入农业综合开发，发挥了财政资金"四两拨千斤"的作用，形成了农业综合开发投入新机制，探索了财政资金规范、安全、有效运行的新途径；在提升投资参股经营企业的发展空间和综合竞争力的同时，显现出对农民增收的强大带动作用。
（二）继续扶持重点产业化项目
2006年，农业综合开发用于重点产业化经营项目资金12.44亿元（其中无偿资金占25%），立项扶持了315个重点产业化经营项目，平均每个项目的中央财政年度投资达到了400万元左右。同时，适当兼顾一般产业化项目，投入中央财政资金10.32亿元（其中无偿资金占25%），立项扶持了767个一般产业化经营项目。
2006年，农业综合开发通过扶持产业化经营项目，将建成优质高效农业种植基地27.35万亩，发展水产养殖11.28万亩，扶持产业化经营项目1318个，预计可安排农村劳动力41万人就业，使778万个农户受益，带动直接受益农民人均年增加纯收入300多元，对优化农业产业结构、提高农业整体水平，培育优势主导产业发展，促进农民增收发挥重要的作用。
