按照国务院统一部署，2006年中央财政对中西部地区参合农民的补助标准由每人每年10元提高到20元，并将中西部地区中农业人口占总人口比重70%以上的市辖区和福建、山东、辽宁、江苏、浙江、广东等东部省份纳入补助范围。2006年中央财政对地方试点补助资金达到42.7亿元，相当于去年的7.9倍。地方财政也按照规定提高了补助标准，其中大部分地区由每人每年10元一步提高到20元，有困难的区也要在两年内提高到20元。各地还调整了各级财政的负担比例，省级财政拿大头，不增加财政困难县的负担。截至到2006年底，全国开展新型农村合作医疗试点的县（市、区）达到1451个，比2005年试点县（市、区）增加了近一倍。参合农民4.1亿人，占全国农业人口的46%。2006年新型农村合作医疗筹资总额为203.13亿元。合作医疗基金支出122.72亿元，其中：用于住院补偿101.53亿元，占基金支出总额的82.7%；用于门诊补偿19.91亿元，占16.2%。