第二次全国农业普查是一个庞大的系统工作，涉及国务院有关部门、军队、武警系统的二十多个单位。普查的总体工作由国务院第二次全国农业普查办公室组织，在业务方面，由统计部门牵头，同时需要得到国家发改委、农业部、财政部、国土资源部、水利部、司法部、国家林业局等有关单位的密切合作，同时将委托农垦、军队、武装警察、司法等系统独立完成本系统的农业普查工作。为确保农业普查的顺利完成，需要各个部门密切配合，相互协作，共同完成普查任务。