2006年，全国税务系统认真贯彻税收工作总体要求和全国整顿和规范市场经济秩序工作的统一部署，坚持标本兼治、着力治本的原则，有重点、有步骤地开展整顿和规范税收秩序工作，在不断完善税收法制、健全制度、理顺机制的基础上，通过税收专项检查、涉税大案要案查处和区域税收整治，促进税收征管秩序不断好转。全国税务机关在整顿和规范税收秩序工作中累计检查纳税人102.65万户，发现有问题的纳税人49.33万户。各级税务机关全年共查补税款376亿元。