2009年9月，卫生部制定下发《关于调整和制订新型农村合作医疗报销药物目录的意见》，要求各省（区、市）将国家基本药物全部纳入新型农村合作医疗报销药物目录。到2010年1月底，大部分省（区、市）已经完成了新型农村合作医疗报销药物目录的调整、制订工作，并按要求在2010年度开始使用。

    2009年11月，人力资源社会保障部颁布的《国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录（2009年版）》已将《国家基本药物目录》的所有治疗性药品全部纳入，并列为甲类药品。12月份，大多数统筹地区已开始执行使用《国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录（2009 年版）》的甲类药品。