伴随着农村税费改革进入农村综合改革的新阶段，农村改革的核心内容由农村税费改革时期的规范农村税费制度、理顺农村分配关系转为以乡镇机构、农村义务教育、县乡财政管理体制改革为主要内容的上层建筑变革。2006年9月，全国农村综合改革工作会议在北京举行，标志着农村综合改革工作步入了新阶段。