玉树古为西羌牦牛种地；隋朝前后为苏毗和多弥二国辖区，唐时为吐番的孙波如，宋时为黎州属下的囊谦小邦之地，元朝归吐蕃等路宣慰司管辖，明朝囊谦五室的贵族僧侣屡被赐号为功德自在宣抚国师；明末清初玉树各部头人为青海蒙古和硕特部赠爵为诸台吉；清朝受青海办事大臣直接管辖，为囊谦千户领地，下有百户独立长等部落，民国时期设置玉树、囊谦、称多3县，统由玉树行政督督察专员公署管辖，县之下千百户制度因袭如故。

    1949年10月，青海省人民解放军军政委员会驻玉树特派员办公处成立，宣告玉树地区已完全由人民政府行使管理职能。1951年12月25日成立玉树藏族自治区，1955年改为自治州，是青海省第一个、全国第二个成立的少数民族自治机构，也是全国30个少数民族自治州中主体民族比例最高、海拔最高、人均占有面积最大的一个自治州。