内蒙古新型农村牧区合作医疗试点自2004年开展以来，试点旗县已达12个，覆盖农牧民人口201万人，共有162万农牧民参加了新型合作医疗，为农牧民补偿医疗费用3058．9万元，越来越多的农牧民得到了实实在在的好处。为加快我区新型农村牧区合作医疗制度的健康发展，明后两年自治区将试点旗县（市、区）覆盖面扩大到40％到60％左右，使试点旗县（市、区）达到39个。从2006年起，中央财政对中西部地区参加合作医疗农牧民补助从10元提高到20元，自治区、盟市、旗县（市、区）财政年人均补助标准也要按10：5：5的比例预算落实，提高到20元，自治区财政还要对农牧业人口在6万人以下的牧业旗县人均再补助5元。经济实力较强的地区地方财政可适当增加投入，并将增加的财政补贴主要用于大病统筹，最大程度地用到农牧民身上。