2006年12月28日，国防科工委与江西省人民政府在北京签署共建东华理工学院协议。国防科工委副主任陈求发和江西省人民政府副省长孙刚代表双方签署了共建协议并分别讲话。

    根据协议，“十一五”期间，对东华理工学院的管理，继续实行国防科工委与江西省共建，以江西省管理为主。国防科工委和江西省支持该校整合国防科技学科专业、重点实验室和科研机构，设立国防科学技术学院。国防科工委将按照“同等优先，择优扶持”的原则支持该校国防特色学科专业和实验室建设，并对军工科研立项、成果申报、成果转化、以及公派出国留学等工作给予指导和支持,支持该校在国防科技工业高层次人才培养、科学研究等方面加强与国防科技工业企事业单位、军队的联系与合作；支持该校根据国家有关规定申报博士授权单位和更名大学工作，不断提高东华理工学院服务国防科技工业和地方经济建设的实力和水平。江西省将东华理工学院作为重点高校进行建设，继续支持该校把国防系统作为重要服务面向，进一步深化东华理工学院国防科技人才、江西地方经济建设人才和海军后备军官人才培养基地的内涵建设。

    国防科工委人事教育司、综合计划司、科技与质量司、系统工程二司,江西省教育厅、省国防科工办，有关集团公司的领导以及东华理工学院的教师代表出席了签字仪式。