国家自然科学基金重大研究计划遵循“有限目标、稳定支持、集成升华、跨越发展”的总体思路，围绕国民经济、社会发展和科学前沿中的重大战略需求，重点支持我国具有基础和优势的优先发展领域。重大研究计划以专家顶层设计引导和科技人员自由选题申请相结合的方式，凝聚优势力量，形成具有相对统一目标或方向的项目群，通过相对稳定和较高强度的支持，积极促进学科交叉，培养创新人才，实现若干重点领域或重要方向的跨越发展，提升我国基础研究创新能力，为国民经济和社会发展提供科学支撑。

    “十一五”期间，国家自然科学基金委员会首先启动并实施了“基于化学小分子探针的信号转导过程研究”和“华北克拉通破坏”两个重大研究计划，已进入评审阶段。现启动“重大工程的动力灾变”、“近空间飞行器的关键基础科学问题”和“植物激素作用的分子机理”三个重大研究计划，每个重大研究计划总经费为1.5亿元，并于2007年6月7日发布了三个重大研究计划项目指南。

    “重大工程的动力灾变”重大研究计划2007年度拟资助项目总经费约4000万元，拟资助“培育项目”约30项（资助强度不低于50万元／项，项目执行期为3年）、“重点支持项目”约10项（资助强度约250万元／项，项目执行期为4年）。

    “近空间飞行器的关键基础科学问题” 重大研究计划2007年度计划资助经费为2000万元，只受理“培育项目”的申请，拟资助“培育项目”30项左右，项目执行期均为3年，即2008年1月-2010年12月。

    “植物激素作用的分子机理”重大研究计划2007年拟安排项目经费3500万元，其中培育项目1200万元，重点支持项目2300万元。重点支持项目平均资助强度约为200万元，培育项目平均资助强度约为60万元。