为切实落实温家宝总理加快长三角地区发展的指示精神，配合《关于进一步推进长三角地区改革开放和社会经济发展的指导意见》（简称《意见》）的起草工作，按照国家发改委和国务院研究室的统一部署，科技部负责牵头组织“增强自主创新能力专题”的研究和起草工作。为了切实了解情况，广泛听取意见，2007年6月11日－15日，科技部发展计划司会同发改委、财政部、教育部、国家知识产权局、环保总局等相关部门和沪苏浙科技主管部门共同组成的专题工作组，赴长三角地区开展专题调研。调研组在计划司副司长许倞和副巡视员刘金林同志带领下，在上海、杭州、苏州、无锡、南京等地深入多家企业、研发机构、高新区、创新创业服务机构进行实地调研，召开6次由地方政府部门、科研单位、企业、大学等参加的座谈会，广泛听取了各方意见，参会人员超过了150人次。

    “长三角”地区的科技力量、研发投入和研发机构，都占全国1/4左右；专利申请量和授权量占全国总量的1/4以上；高新技术产品出口占了总量的近一半。近年来，长三角地区在推动区域创新体系建设方面做了积极而有益的探索。如签订了《沪苏浙共同推进长三角创新体系建设协议书》，建立了“长三角创新体系建设的联席会议”制度，在科技基础条件平台建设、共建网上技术市场、互认高新技术企业等方面取得了实质性进展。

    调研过程中，来自于地方部门、科研单位、大学、中介机构、企业的各方面代表对增强长三角自主创新能力，加快长三角率先发展、科学发展提出了很多有建设性的建议。如推动自主创新政策在长三角地区先行先试、加强对长三角区域科技合作的引导、联合组织重大科技工程、实施创新人才建设行动等等。

    6月15日，发改委和国务院研究室组织召开了起草《意见》的工作会，听取了各专题牵头部门和长三角两省一市的工作进展情况汇报。会议认为，增强自主创新能力对长三角地区率先发展、科学发展非常重要，对专题前期调研工作和成果给予了充分肯定。科技部将在此基础上，按照工作总体部署，协调相关部门提出增强长三角地区自主创新能力的具体政策意见。