在中德政府间科技合作框架下，由国务院三峡工程建设委员会办公室水库管理司和重庆市科委的共同牵头，重庆大学、同济大学、水利部中科院水工程生态研究所、中国环境科学研究院和华中科技大学等单位组成科研团队，与德国以尤里希研究中心牵头的大学和科研机构联盟展开合作项目“长江三峡库区可持续生态系统建设关键技术”。该项目计划对三峡工程蓄水后库区水环境演变发展趋势及其对库区周边陆域生态影响变迁问题进行系统深入的基础性研究，为三峡库区的生态环境优化积累相关的科学数据和基础资料；对三峡库区水环境复合污染控制关键技术进行研究，为三峡库区的环境和生态建设提供科学依据与技术支撑。该项目已在2007年3月波恩召开的中德环境技术与生态指导委员会第6次会议上被列入政府间科技合作项目。

    2007年7月，在科技部国际合作司的推动下，中德双方有关项目组织和执行单位在重庆召开了项目工作会，就具体合作内容进行了对接，双方商定首先围绕水环境领域开展“三峡库区水环境复合污染过程及防治研究”、“三峡库区次级河流污染演变特征与生态修复及治理”、“三峡库区污染物-水-沉积物相互作用关系”、“基于分形理论的三峡库区水质模拟研究”、“三峡库区水环境监控及应急的预警信息技术研究”等5个方面的专题研究。德方将为本项目的实施提供技术和研究经费的投入。

    三峡工程已蓄水至156m水位，其在防洪、发电、航运等方面带来的经济效益正在逐步体现。同时，三峡工程建设和水库运行对库区及长江流域的生态与环境的影响也将逐步显现，特别是水环境，将面临一系列严峻考验。如不及时对这些问题进行研究，正确地预测其发展趋势及可能产生的后果，提出科学的应对措施，就有可能影响三峡工程综合效益的发挥，还将严重威胁三峡库区及整个长江中下游的自然生态环境，势必会对区域经济建设和社会安定造成巨大影响。三峡库区生态环境问题的研究是一项系统工程。目前对因水质变化引起的环境生态、健康危害等负面效应还缺乏深入研究。弄清三峡库区环境演化规律，将为解决三峡库区水环境污染、地质滑坡和生态环境修复等重大环境问题提供必要的理论指导和关键技术，对保障三峡库区环境安全、区域经济建设和社会安定具有巨大的推动作用，并为我国在类似性质环境保护及污染治理方面积累宝贵经验，具有显著的现实意义。