按照农业部学习实践活动的总体安排，部学习实践活动办公室在充分征求意见的基础上，制定下发了《关于创新体制机制促进农业农村经济科学发展的工作方案》，要求结合学习实践活动分析检查、整改落实阶段的工作，围绕建立健全保障农业农村经济科学发展的体制机制，认真抓好落实，确保学习实践活动取得实效。
农业部强调，要紧紧围绕科学发展主题，结合农业农村经济发展要求和自身建设实际，以开展深入学习实践科学发展观活动为契机，以解决影响和制约科学发展的突出问题为出发点，以构建有利于科学发展的体制机制和规章制度为重点，通过建章立制、完善体制机制，健全保障和促进科学发展的制度体系，营造贯彻落实科学发展观的良好环境，为发展现代农业、建设社会主义新农村提供有力支撑。要通过制订一批办法、出台一批政策、完善一批制度、编制一批规划，加快制度建设步伐，构建保障粮食等主要农产品有效供给的长效机制，建立支撑农业农村经济又好又快发展的行政管理和公共服务体制，完善科学高效的宏观调控和应急处理机制，健全公正、廉明的农业行政执法体制和规范有序的内部运转机制，着力解决影响农业农村经济科学发展的制度缺失等突出问题。
农业部提出在18个方面着力推进体制机制创新。通过推动完善农产品价格支持保护体系，加强农产品产销衔接，完善农业补贴制度等措施，进一步强化稳定农产品价格、促进农民持续增收的政策；通过加强土地承包经营权流转管理和服务工作、加快相关立法进程等措施，稳定和完善农村基本经营制度；通过抓紧实施粮食战略工程，研究制订实施新一轮菜篮子工程的意见等措施，推动建立保障粮食等主要农产品有效供给的长效机制；通过普遍健全乡镇或区域性农业技术推广等公共服务机构、深入推进农业技术推广工作等措施，加快农业科技体制创新；通过编制《农产品产地批发市场建设规划》、构建应急信息采集机制及农产品市场预警机制、研究制订农产品加工业统计制度等措施，健全农产品市场体系，完善信息收集和发布制度；通过研究制订《农业部关于加强农产品质量安全监管工作的意见》、出台《农业标准化管理办法》、开展“农产品质量安全执法年”活动等措施，推进农产品质量安全监管体制改革；通过建立官方兽医和职业兽医制度等措施，加快兽医管理体制改革；通过加强重大动植物疫病防控、普遍健全乡镇或区域性动植物疫病防控公共服务机构等措施，建立健全重大动植物疫病防控机制；通过配合制订《农业机械安全监督管理条例》、会同有关部委起草《国务院关于促进农业机械化和农机工业又好又快发展的意见》等措施，加快完善农业机械化扶持政策和管理法规体系；通过加强对外商投资农作物种子企业问题的研究等措施，进一步规范种子产业发展；通过研究制订《关于推进农垦体制改革的意见》，深化农垦管理体制改革；通过积极参与农业国际标准制订等措施，建立健全农产品进出口宏观调控机制；通过多渠道筹集草原生态效益补偿资金，研究建立草原生态补偿机制等措施，加快建立健全农业可持续发展机制；通过研究制订《农业部关于全面加强农业执法的意见》、加强农村法制建设等措施，进一步加快建立权责明确、行为规范、监督有效、保障有力的农业行政执法体制；通过制订农业部重大事项督查督办工作规则等措施，加快建立职能明确、权责一致、运转协调的机关运行机制；通过完善干部考核任用制度等措施，深化部系统干部人事制度改革；通过加强农业建设项目监督管理等措施，完善农业部党风廉政建设机制；通过推动建立中央强农惠农政策落实情况监督机制等措施，加强农业系统政风行风建设。
农业部要求，各单位要高度重视，在已有工作基础上，深入研究，着力推进，务求实效。要充分认识完善、创新体制机制工作的重大意义，把体制机制创新工作摆在重要位置，明确时间进度，组织专门力量抓好落实。凡属农业部职责范围内的事项，要抓紧出台；对涉及多部门的事项，要加强协调，形成共识，推动解决；对需报请国务院决定的事项，要认真研究，尽快形成高质量的建议。
农业部在学习实践活动中坚持边查边改科学谋划 积极推进体制机制创新
农业部在开展深入学习实践科学发展观活动中，坚决贯彻中央的部署和要求，认真履行服务和推动农业农村经济发展的责任，坚持在宏观上重调控，在政策上重创新，在方向上重大局，把创新体制机制工作贯穿学习实践活动的全过程，努力推动农业农村经济平稳较快发展。
在学习培训中思考体制机制创新。坚持将体制机制创新作为衡量学习培训成果的重要标准，在提高认识、统一思想、促进发展上争取更大实效。农村经济体制与经营管理司将学习贯彻党的十七届三中全会精神与积极推动农村改革结合起来，明确把加强土地承包经营权流转管理和服务作为体制机制创新的重点，下发《关于做好当前农村土地承包经营权流转管理和服务工作的通知》，积极引导农村土地承包经营权流转市场平稳健康发展。全国农业技术推广服务中心、全国水产技术推广总站、农业部农机化技术推广总站等单位突出学习重点，围绕三中全会提出的“力争三年内在全国普遍健全乡镇或区域性农业技术推广、动植物疫病防控、农产品质量监管等公共服务机构，逐步建立村级服务站点”的目标任务，在健全内部管理制度、明确岗位职责任务、实施公正考评激励、统筹协调区域推广、构建多元合作推广等方面积极谋划，通过创新推广机制，努力提升推广体系的活力和效能。
在深入调研中谋划体制机制创新。坚持把发现问题、查找原因、寻求解决办法的调研过程，转化为紧扣科学发展主题、实现体制机制突破的创新过程。科技教育司召开调研成果集中交流会，重点就加强农产品产地环境安全管理、从源头上保障农产品质量安全问题，评估技术标准，开展案例分析，研究制度调整，决定从体制机制创新入手，抓紧启动农产品产地安全状况普查，开展农产品禁产区划分，指导禁产区产业结构调整和修复工作，建立完善农产品产地安全状况例行监测制度。种植业管理司在广泛听取深化种子体制改革意见的基础上，结合国家粮食安全的新要求、种业市场全球化的新格局以及种子管理改革取得阶段性成果的新起点，对改革形势和战略任务做出新判断，明确了新时期种业发展的新任务：一是确保农业生产用种安全，二是切实提高种业竞争力，三是实现有效监管市场。
在解放思想大讨论中突出体制机制创新。坚持在解放思想中形成新共识，并将体制机制创新作为关键内容和核心要求，通过制定一批办法、出台一批政策、完善一批制度、编制一批规划，为农业农村经济科学发展提供制度保障。国际合作司在贯彻落实中央决策部署、积极应对经济形势变化中，注重科学谋划、大力推动实施农业“走出去”、“引进来”战略，积极构建部门协调机制、企业风险预警机制、信息沟通机制和重大问题研讨培训机制，坚持在解放思想中推进体制机制创新。中央农业广播电视学校通过召开座谈会、开展专题调研、网上征求意见等方式，在学习实践活动分析检查阶段继续组织开展解放思想讨论，争取在探索和建立农科教、产学研有效结合的人才培养模式和相互促进、协调发展的运行机制方面形成更多共识，出台实际措施。中国兽医药品监察所以“学习实践科学发展观、全面提升技术支撑能力”为实践载体，在加强兽药评审及生产管理、兽药质量全过程监管、兽药使用及残留监控、兽药监察体系建设和建立完善政务公开监督机制与人才培养激励机制等五个方面，针对突出问题梳理解决思路，争取在体制机制创新上做到成熟一个解决一个，不搞形式主义、虎头蛇尾。
在解决突出问题中推动体制机制创新。在查摆解决制约科学发展的突出问题时，立足当前，着眼长远，务求把问题找准、原因查深、思路理清、措施求实，在体制机制创新上寻求出路、破解难题、化解矛盾。兽医局、中国兽医药品监察所、中国动物疫病预防控制中心等单位在推动重大动物疫病防控工作中，积极推动体制机制创新。一是抓科学预案机制，坚持专家参与、部门协调、全国联动，确保了及时有效应对。二是抓责任机制，坚持政府主导、层层落实、执行有力，确保了动物防疫工作责任制全面落实。三是抓技术支撑机制，完善疫情监测体系、技术标准体系、风险评估体系和资金支持、物资储备体系，完善疫情报告和核查举报制度，及时报告，及时处理。四是抓应急机制，加强对活畜禽交易市场、候鸟栖息地和野鸟活动频繁地域、中小规模养殖场及畜禽养殖集中地区的重点检查和定期抽查，建立健全应急预备队，加强应急培训和演练，切实增强应急处置能力。五是抓队伍建设。指导各地初步建立和完善了省、地、县、乡四级动物防疫网络。
在推进重点工作中加快体制机制创新。坚持在推进重点工作中完善体制机制，将其作为衡量学习实践活动质量高低、成效大小的主要标志，作为学习实践活动突出实践特色的集中体现。兽医局12月6日举办全国动物流行病学调查师资座谈会，为切实解决动物流行病学调查技术在动物疫病防控工作中应用不够的突出问题，决定建立健全全国动物流行病学调查工作机制。一是中国动物卫生流行病学中心及各分中心明确分工、明确责任、协同工作；二是各省兽医行政部门明确一名领导负责流调工作，有条件的设置专门科室或工作组，带动市县做好辖区内调查分析工作；三是450个国家动物疫情测报站和边境监测站配合做好有关工作。产业政策与法规司积极协同有关部门组织对14件农业法律进行了全面清理，形成了“不作修改的7件、适时全面修改的1件，修改部分条款的6件”的农业法律清理建议，并配合有关部门提出了对与农业部门相关的1件法律进行修改的建议。东海区渔政局11月27日召集江苏、浙江、福建和上海等三省一市渔政执法总队负责人会议，决定继续开展“护渔2009”海洋渔业执法行动，在前3年工作的基础上，改变以往渔政部门“一家独唱”的状况，建立由渔业行政主管部门总负责，渔政、渔监、船检三家单位共同参与的执法机制，并在组织形式、海上执法方式等方面争取新突破。为巩固电脉冲捕捞作业专项整治的成果，拟定了《关于东海区电脉冲捕捞作业专项整治长效管理的意见（讨论稿）》，坚持将查禁电脉冲捕捞工作作为专项整治行动的重中之重，常抓不懈，确保彻底根治。
