2009年7月18日，科技部与云南省人民政府在昆明举行了第二次部省工作会商会议。全国政协副主席、科技部部长万钢，科技部党组成员、副部长张来武；中共云南省委副书记、省长秦光荣，副省长和段琪等出席了会议。会议由科技部副部长张来武主持。

    万钢部长在讲话中充分肯定了云南省的科技工作，尤其是在科技创新环境营造、着力培育特色优势产业等方面所取得的重要突破。他指出，面对云南快速发展的新形势、新机遇，科技部将以十七大精神为指引，以部省会商为平台，进一步加强与云南省的合作与互动，促进云南科技创新。希望云南认真贯彻落实《国务院关于发挥科技支撑作用 促进经济平稳较快发展的意见》，立足优势特色产业，调整投入结构，集成资源，调动各方面积极性，提升科技在经济社会发展中的支撑作用；进一步抓好生物资源开发、有色金属、磷化工和煤化工、先进制造等重点领域的跨越发展，重视重大专项等科技成果在这些领域的推广和应用；进一步营造好科技创新氛围，切实加强自主创新政策的落实，并在符合自身发展需求方面取得突破。

    秦光荣省长在讲话中首先感谢科技部对云南科技工作的大力支持。他指出会商制度建立两年多来，云南省在制定和完善政策、加大财政科技投入、促进科技与金融结合、扩大科技领域的开放合作及进一步深化科技管理改革等方面进行了探索和创新，有力地促进了云南的科技进步和科技工作，形成了上下联动、横向互动的工作格局。他指出云南将以此为契机，按照国家目标和云南优势相结合的原则，进一步深化与科技部的合作，围绕议定书的主题和内容，加强领导，增加投入，创新机制，狠抓落实，举全省之力，确保与科技部合作共建的重大项目的实施和重点工作的开展，共同为建设创新型国家作出贡献。

    会上，科技部与云南省围绕“共同推进云南有色金属新材料产业化基地建设”、“推动中药现代化科技产业（云南）基地建设”、“继续推进云南特色动物资源实验动物化开发及共享平台建设”、“共同推进云南省兴边富民科技支撑工作”、“优化科技发展环境，加强体制机制创新”等合作重点进行了深入沟通和交流。