北京市18个区县将各有一家甲型H1N1流感定点收治医院。市卫生局8月12日启动各区县定点医院，用于收治本辖区内轻症甲型H1N1流感确诊病例，初期具备至少收治20名确诊病例的能力。原有的两家全市定点医院——北京地坛医院、北京佑安医院将专门收治高危重症及外籍确诊病例。
这些新增定点医院的发热门(急)诊要独立设区，出入口与普通门急诊分开，标识明显；甲型H1N1流感疑似、确诊患者病区要独立设区，与其他病区相隔离，有明显标识；患者戴外科口罩，仅限于病房内活动；医务人员办公室与病房有一定距离，无交叉。
目前，北京市共有97家医疗机构具备发热筛查能力。市卫生局要求，这97家医院遇有流感筛查病例要及时取样，并按要求将标本送至甲型流感病毒检测实验室单位。凡筛查出的高危重症及外籍确诊病例，送往地坛医院或佑安医院收治；非高危及重症确诊病例按照居住地送往辖区定点医院收治。
其他不具备筛查能力的各类医疗机构如遇有发热病人，应当就地隔离，及时通知“120”或“999”，将患者就近转运至97家具备筛查能力的医院。
