8月8日，卫生部部长陈竺率领卫生部专家组一行13人抵达舟曲县后，对所有住院伤员进行了检查和会诊。陈竺部长在听取了卫生部专家组的伤情评估、治疗意见和省卫生厅的救治计划后，做出了将重症伤员转运治疗的决策。

    8月9日中午14时，接到兰州军区空运飞行指令后，陈竺部长在省卫生厅厅长刘维忠及甘南州、舟曲县相关领导陪同下，亲自赶赴舟曲县医院和飞机降落点指挥伤员转运工作。在舟曲县医院和飞机转运点，陈竺部长亲自指挥伤员转运工作，并积极帮助抬送伤员。在兰州军区空军的大力支持下，经过近两个小时紧张工作，9日下午18时许，19名伤员和17名陪员在医务人员的护送下，搭乘4架直升飞机分别转运至兰州和天水进行救治。由于天气原因，兰州机场不适于降落，所有伤员于当晚8时许全部安全降落天水市，收住当地医疗机构。省卫生厅派出医疗专家连夜赶赴天水市指导伤员救治工作。另，截至10日上午10:30时，由急救车队转运的13名伤员也安全转运到兰州进行救治。

    此次伤员转运后，舟曲县还有10名轻伤员，将根据伤员伤情和个人意愿，随时转运兰州治疗。