日本东北部地区3月11日遭受里氏8.8级特大地震及海啸灾害，包括首都东京在内的大部分地区受灾严重。3月12日，中国科学院院长白春礼代表中国科学院向日本文部科学省、东京大学、理化学研究所、东北大学等有关单位和友好人士致电表示亲切慰问。白春礼在慰问电中向在本次灾害中的遇难者表示哀悼，并表示中日两国科技界有着良好的交流与合作关系，中国科学院愿向日方提供必要协助，祝愿日本人民能够早日战胜灾害，重建家园。
地震发生后，中国科学院国际合作局亚非处全体同志自发到办公室值守，紧急确认中科院赴日团组的安全情况，同时还向日本驻华科技机构代表以及在中科院研究所工作的日本专家表示慰问。在得到南海海洋所要求核实该所在日本仙台失去联系的两位留学生安全情况的求助电话后，亚非处迅速拨通中国驻日本大使馆科技处的电话，请其提供必要协助。经多次询问，截至发稿时，目前中科院赴日团组和在日工作的科研人员和留学生尚无人员伤亡。
