2003年，农村卫生以开展新型农村合作医疗试点工作为突破口，全面贯彻落实《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》（以下简称《决定》），工作取得了良好进展。
1.积极订定《决定》配套政策，推进农村卫生工作的改革和发展。在2002年已出台4个《决定》配套文件的基础上，2003年，卫生部与相关部委密切协作，制定了《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》，于1月由国务院办公厅转发；3月，财政部、卫生部等联合下发了《关于农村卫生事业补助政策的若干意见》；8月，国务院颁发了《乡村医生从业管理条例》。这些政策法规的出台，为各地贯彻落实《决定》精神，制订具体政策，部署农村卫生各项工作起到重要的指导作用。
各省、自治区、直辖市政府结合本地区实际情况，积极研究制定了贯彻落实《决定》的具体实施意见。到2003年底，已有23个省、自治区、直辖市召开了全省农村卫生工作会议，制定和部署本省加强农村卫生工作的政策措施。如河南省人民政府决定，从2003年起，用3年时间，每年省级安排4000万元，县（市）补助4000万元，建设200所中心卫生院，3年建设600所中心卫生院。四川省政府决定，在已经开始实施的每年落实2000万元农村卫生扶贫经费的基础上，每年再增加1000万元，实施“四川农村卫生扶贫十年行动计划”，用3亿元资金重点改扩建2000所乡镇卫生院，使其达到“一无三配套”（一无：无危房。三配套：设备、人员、管理配套。）的要求。新疆维吾尔自治区政府决定由政府财政对县级预防保健机构及乡镇卫生院编制内人员工资实行全额补助；创造条件逐步将乡镇卫生院离退休人员纳入社会保障统筹体系；对集体村办卫生室乡村医生给予每人每月不低于80元的补助。
2.扎实推进新型农村合作医疗试点工作，初步摸索并创造出一些好的做法和经验。逐步建立和完善新型农村合作医疗制度，帮助农民抵御大病风险，重点解决农村因病致贫、返贫问题。这是中央着眼于实现全面小康目标，统筹城乡经济社会全面协调发展，切实解决“三农”问题，提高农民健康水平的重大举措。国务院对农村新型农村合作医疗试点工作高度重视，为进一步加强对新型农村合作医疗试点工作的研究、协调和指导，国务院建立了由吴仪副总理任组长，11个部委（办、局）负责同志为成员的国务院新型农村合作医疗部际联席会议制度。吴仪副总理专门听取了卫生部关于新型农村合作医疗试点情况的汇报，主持召开专家座谈会，听取专家对新型农村合作医疗制度和试点工作的意见和建议，并先后深入到云南、湖北等地的县、乡、村进行实地调研。
卫生部将新型农村合作医疗试点工作作为农村卫生工作的重中之重，全力以赴指导各地开展试点工作。先后与有关部门下发了《关于做好新型农村合作医疗试点工作的通知》和《关于中央财政资助中西部地区农民参加新型农村合作医疗补助资金拨付有关问题的通知》，组织编写了培训教材，对各省、自治区、直辖市的管理骨干和省级专家分期分批进行了培训，并深入湖北、湖南、云南、四川、安徽等地就农村卫生及新型农村合作医疗试点工作进展情况进行了调研。
各省、市地方政府也高度重视新型农村合作医疗试点工作，普遍建立了领导小组，各试点县相应成立了管理委员会和经办机构，进行了基线调查，制订了试点方案，以多种方式加大了公开、透明的监管力度，在较短的时间内摸索出一些好的做法，创造和积累了一定的经验。如湖北省在农民个人筹资方式上，采取了农民自愿签约后由农税部门秋后统一代收的办法；在新型农村合作医疗基金管理等方面，实行银行代理，通过省级招标确定农业银行作为代理银行，做到了资金收支两条线，封闭运行；定期对合作医疗定点医疗机构的门诊和住院费用进行分析，防止医疗费用的不合理增长。江西省从省直卫生系统抽调部分人员与地（市）、县有关人员组成工作组，到试点县驻县蹲点，加强指导和督查等。这些做法对保证当地新型农村合作医疗的健康发展发挥了积极的作用。截至2002年12月底，全国已有30个省、自治区、直辖市和新疆维吾尔自治区生产建设兵团确定了304个新型农村合作医疗试点县（市），覆盖9300余万农业人口，实际参加合作医疗的农民6400余万人；其中中西部地区确定了236个试点县（市），覆盖6400余万农业人口，实际参加新型农村合作医疗的人数有4600余万人，农民筹资已达4.6亿元，地方政府筹资达4.5亿元，中央财政的3.93亿元补助资金也已到位。东部地区也积极加大政府投入，加快新型农村合作医疗的进程。如山东东营市政府按辖区内农业人口每年人均10元，县乡政府每年每人5-10元的补助标准，在全市5个县、区建立了新型农村合作医疗制度，参加农民达到104万人，参合率为98%。
根据地方汇报、调研和以往的经验教训，卫生部会同相关部委针对坚持农民自愿参加，加强医药服务改革与监管，防止套取中央补助，确保资金安全等关键问题，在吴仪副总理的直接关心和指导下，起草了《关于进一步做好新型农村合作医疗试点工作的指导意见》（以下简称《指导意见》）。同时，卫生部还对湖南省桂阳县在合作医疗筹资中套取国家补助资金问题和云南省广南县阿科乡向教师、乡村干部等公职人员强行摊派收取合作医疗经费问题，及时向全国分别转发了湖南省人民政府办公厅和云南省卫生厅对问题处理情况的通报，要求各地加强调研和督导，及时发现并纠正试点工作中的错误做法。
3.抓住机遇，加强农村卫生服务体系建设。抗击非典型肺炎取得阶段性胜利不久，卫生部就会同国家发改委着手研究制订农村卫生服务体系建设规划，自2004年起将采取中央与地方共建的方法，加强农村乡镇卫生院建设，改善基础设施条件。2003年各地也普通增加了农村卫生的资金投入，强化了农村卫生服务网络的整体功能，提高了乡镇卫生院服务能力。如云南省政府从省级财政中安排4460万元，为240所乡（镇）卫生院改善了房屋、设备条件，培训了人员。同时，还投入1500万元，建立了500个村卫生室。
4.深化乡镇卫生院改革，加强农村基层队伍建设。按照中央决定精神，全国已有近三分之二的县完成了乡镇卫生院上划县级卫生行政部门管理的工作，如天津、广西、宁夏、青海等省已全部完成上划工作。与此同时，各地普遍推行了公开招聘乡镇卫生院院长的工作。通过乡镇卫生院改革，明显增强了卫生院的活力，如湖南省两年前有501所乡镇卫生院出现倒闭或分散经营，至2003年有243（49%）所恢复了功能。各地还积极探索乡镇卫生院人事和分配制度改革，实行公开招聘和合同聘任制，分流富余人员，清退多余的非技术人员。为吸引大中专毕业生到基层农村卫生机构工作，加强农村卫生队伍建设，江苏省提出，到乡镇及乡镇以下卫生机构工作的各类大、中专学校毕业生，可以提前定级，定级工资标准高于同类人员1-2档。长期坚持在乡镇及乡镇以下工作的卫生专业技术人员，可得到农林一线科技工作人员工资标准待遇的政策倾斜。云南省规定：对志愿到乡镇卫生院或计划生育服务所工作的医学院校毕业生，从报到之月起执行定级工资标准，工资纳入财政预算，全额保证。工作满5年并自愿留在乡镇卫生院或计划生育服务所继续工作的，给予一次性生活补助；本科毕业生补助5万元，专科毕业生补助3万元。户口可保留在大学毕业前户籍所在地。2003年7月，已组织选派了第一批应届医学院校优秀毕业生，共101名赴73个国家重点扶持县的100所乡镇中心卫生院工作。各地还积极组织城市医疗卫生机构对口支援农村并定期到农村开展巡回医疗，受到了农民群众的普遍欢迎。
5.全力遏制传染性非典型肺炎向农村蔓延。卫生部积极参与了全国防治非典指挥部的工作，针对农村特点起草了《全国农村非典型肺炎防治工作方案》，并会同国家发展改革委、民政部、财政部、农业部和人口计生委及时和下发了《关于加强农村传染性非典型肺炎防治工作的指导意见》，对农村非典防治提出指导原则和防治措施。同时，积极指导基层卫生部门加强对农民的宣传和教育，参与组织编写农村非典防治的宣传手册，免费发给乡村基层医务人员，提高农村基层医务人员非典防治知识和能力。为全国非典防治工作取得阶段性胜利作出了贡献。
