2003年是审计机关成立20周年。全国审计机关紧紧围绕经济工作中心，进一步突出对重点领域、重点部门、重点资金的审计监督，加大对重大违法违规问题和经济案件的查处力度，审计工作取得了新的进展。全国共审计10万多个单位，查出各类违规资金3100多亿元。经过处理，已上缴财政100.2亿元，减少财政拨款和补贴5.7亿元，归还原渠道资金59.2亿元，向纪检司法机关移送各类违法犯罪案件线索1182件。审计工作在维护财经纪律，促进廉政建设，推进依法行政，保障国民经济持续健康发展方面发挥了重要作用。
以揭露预算分配和管理中深层次问题为重点，进一步深化了预算执行审计
2003年的预算执行审计，在总结以往经验的基础上进一步深化和发展，审计重点更加突出，效果更加明显，社会影响进一步扩大。中央预算执行审计呈现三个比较突出的特点：
一是把揭露预算分配和管理中的问题作为工作重点。这次审计反映的许多问题都是涉及预算分配和管理中的深层次问题，如审计揭露的财政部、原国家计委等部门在年初安排预算时，未将资金及时批复到具体部门和项目，有380多亿元在年度执行中通过追加的方式再进行分配的问题，引起全国人大、国务院及有关方面的高度重视，对于进一步规范预算管理，提高预算分配到位率，起到了积极的促进作用。
二是加大了对中央补助地方支出的审计力度。采取上下联动的方式，进一步加强了对这部分支出的审计，揭露了有些项目重复设置、多头审批，有些资金分配超越范围，甚至向本系统倾斜等问题，促进有关部门进一步整合归并项目，严格资金分配管理。
三是加大了对中央二三级预算单位的延伸审计力度。共延伸检查了216个二三级预算单位，查出违规资金37亿元，发现和揭露了一批严重违法违规问题，促进中央部门加强了对所属单位的预算管理。国务院各部门对预算执行审计发现的问题十分重视，积极进行纠正和整改。截至目前，已上缴财政各项资金77亿元，归还原渠道9亿元，移送案件83起，有545人（次）受到党纪政纪处分或被追究刑事责任。
地方审计机关在2003年的预算执行审计中也进行了一些新的探索，进一步提高了审计效果。各地以财政、税务部门的审计为主导，以部门预算执行情况审计为基础，加大了对专项资金、重点建设项目的审计力度，预算执行审计工作体系进一步完善。审计深度进一步加大，对财政部门的审计逐步从单纯的合法性审计向规范管理方向迈进，并注意加强了对财政管理改革有关内容的审计。如北京、湖北、四川、辽宁等地围绕财政改革，进一步拓宽审计领域，加强了对部门预算、政府采购、会计核算中心等的审计力度，取得明显效果。
以社会关注的焦点、热点、难点为突破口，发挥专项资金审计为国家宏观经济管理服务的作用
2003年，全国统一组织对国债资金、土地出让金等6项重点专项资金以及武警消防系统财务收支进行了审计和调查。工作中注意把审计与审计调查、查处违法违规问题与检查资金使用效果、揭露问题与从管理和机制上深入分析原因结合起来，收到了较好效果。
对683个环保及公路国债建设项目进行审计和调查，揭露和反映了部分国债项目建设进度缓慢，管理不规范，营运效果差，以及中西部一些地区公路建设负债规模过大，拖欠贷款和工程款现象突出等问题。
审计10个城市国土出让金管理使用情况，并对国家征用农村集体土地补偿政策的落实情况进行审计调查，发现一些地方非法买卖土地、违法“圈地”、乱占耕地，以及低价补偿或截留挪用农民征地补偿费问题突出，审计结果引起了国务院及有关部门的高度重视。
审计592个国家扶贫重点县扶贫专项资金的管理使用情况，发现的突出问题是，一些地方扶贫贴息贷款投向不合理，主要投向了工业、电力、通讯、交通等基础性和竞争性行业，而用于扶持农户的小额贷款却逐年萎缩，不利于国家扶贫政策的贯彻落实。
审计13个省市的社会保障资金，通过从总体上掌握和分析社保资金状况，揭露和反映了由于统筹级次偏低，造成社保资金互济性差，基金结余与缺口现象并存等突出问题。
对19个省（市、区）武警消防系统财务收支情况及部分地区消防建设情况进行审计和调查，查出和反映了一些地方对消防建设重视不够，投入不足，造成消防站点建设不达标、消防装备缺口大，给生产和社会安全造成一定隐患等问题，引起有关方面的高度重视，公安部消防部门专门下发了《关于切实加强消防部队财务管理工作的通知》，不少地方政府已开始拨出专款，加强消防设施建设。
根据党中央、国务院的要求，审计署及时组织全国审计机关对防治非典专项资金及社会捐赠款物的筹集分配与管理使用情况进行了专项审计，并首次将审计结果向社会公告，标志着审计结果公告制度正式启动。
地方审计机关除参加审计署统一组织的审计外，还结合本地实际，积极开展了其他专项资金的审计。如广东、安徽、江苏等地开展了水利建设资金、抗洪救灾资金的审计，山东、云南、宁夏等地组织了失业保险基金和城镇居民低保资金审计，湖北、江西等地分别审计了农村税费改革转移支付资金和移民建镇资金，这些审计都取得了很好效果，为规范专项资金管理，提高财政资金使用效益发挥了积极作用。
以金融领域出现的新情况、新问题为切入点，强化了金融审计
2003年，全国统一组织对工商银行总行及21个分行和中国人寿保险公司系统进行了审计。为了适应金融机构信息化快速发展，会计数据高度集中的新情况，在工行审计中，尝试开展了以总行为龙头、实行联网审计的审计组织方式，取得了较好效果。审计发现的突出问题：一是信贷业务中出现了一些新的风险点，突出表现在，一些单位和个人通过伪造虚假资料，骗取住房和汽车等个人消费贷款，一些地方政府超越自身还贷能力，向银行申请巨额市政设施建设贷款。二是票据市场管理混乱，一些企业通过开具无真实贸易背景的银行承兑汇票，大量套取信贷资金。三是不法分子与银行内部人员串通，利用关联企业骗贷，造成信贷资金损失严重。
对人寿保险公司资产负债损益情况的审计，主要查出非法代理、超额退保以及违规运用保险资金等问题。
地方审计机关除参加人寿保险公司的审计外，还从本地实际出发，对地方商业银行、城市信用社、农村信用社及其他非银行金融机构进行了审计，在促进金融改革和防范金融风险方面发挥了作用。
2003年，全国审计机关共对585个国外贷援款项目进行了审计。审计署还组织28个省对地方政府外债管理体制进行了专项审计调查，促进加强了政府外债的管理。
以保证国有资产安全和保值增值为目的，加大了企业审计力度
根据中组部的委托，2003年审计署组织16个省、18个特派办和有关社会审计人员2000多人，对原国家电力公司领导班子进行了任期经济责任审计。该公司资产总量达1.4万亿元，审计历时8个多月，审计的资金面占60%。为了搞好这项审计，组织进行了周密的审前调查，制定了针对性和可操作性强的审计方案，并注意加强协调指导。广大参审人员克服审计任务重、实施时间长、异地工作等困难，较好地完成了审计任务。从初步汇总的情况看，这次审计发现的主要问题：一是损益不实，少计利润数额较大；二是疏于管理，重大案件较多，仅审计发现并通过《审计要情》上报国务院的案件已有13件，涉案金额10亿多元；三是国有资产流失严重，主要是乱投资、乱借款、乱担保形成的损失比较大。
地方审计机关围绕本地经济工作中心，进一步加强了企业审计。如上海对3家政策性亏损企业进行了审计，天津对10户大型企业集团国有资产授权经营情况进行了审计调查，陕西对16户省属大型企业集团对外投资效益进行了审计调查，安徽、河南对全省粮食购销企业亏损挂账情况进行了清查审计，这些工作为促进深化国企改革，提高经济运行质量和效益，发挥了积极的作用。
以强化对权力的制约和监督为目的，稳步推进对领导干部的经济责任审计
各级审计机关继续认真搞好县以下党政领导干部和国有企业领导人员的经济责任审计，同时进一步扩大县以上党政领导干部经济责任审计试点。1至11月，全国共对2.6万多名领导干部进行了经济责任审计，查出违规资金586亿元，建议给予党政纪处分163人，移送纪检监察和司法机关查处463人，受到降职撤职处分的203人。全国除个别省区外，都进行了县市长经济责任审计试点。审计署研究制定了《党政领导干部经济责任审计指导意见》，12个省市出台了县以上领导干部经济责任审计的相关制度规定。中央和各地五部门联席会议加强了对经济责任审计工作的调查研究和协调指导，进一步推动了这项工作的深化和发展。
进一步强化了审计基础建设
2003年，在认真抓好各项审计业务工作的同时，审计机关的基础建设进一步加强。结合审计机关成立20周年，审计署在认真总结审计工作经验的基础上，集中力量研究制定了审计工作五年发展规划，明确了2003至2007年审计工作的指导思想、总体目标和主要任务。审计署组织对18个特派办和已实行审计外勤经费自理的10个省市审计机关开展了专项检查，促进了“八不准”审计纪律的进一步落实。根据国务院的统一部署，审计署对成立以来发布的规章进行了全面清理，结合实际制定了《审计署关于内部审计工作的规定》和《审计机关审计项目质量控制办法（试行）》，修订了审计抽样等5个准则，进一步完善了审计工作的法规依据和作业标准。
