过去，乘坐北京——九龙和上海——九龙两趟旅客列车去香港的旅客，需要在东莞车站带着行李下车办理验关手续，很不方便。为落实中央政府《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》（CEPA）重大战略决策，铁道部加强与有关方面的协商，积极推动两趟直通车实现“大通关”。在中共中央、国务院领导和有关部门的关心支持下，铁道部与海关总署、公安部、国家质检总局、国务院港澳办等部门就京沪直通香港旅客列车实现便捷通关达成一致意见。8月20日和9月17日，海关总署、公安部、国家质检总局和铁道部联合颁布了《京九、沪九直通香港旅客列车在广州东至深圳间上车联检暂行办法》和《京九、沪九直通香港旅客列车在始发终点站联检协调办法》。2003年10月1日，在北京西站和上海站设立了临时铁路口岸，实现了旅客在始发、终点站验关，大大提高了通关效率，为旅客提供了便捷的通关方式。为了保证口岸联检改革的顺利实施，北京铁路局、上海铁路局分别投资3000万元和1000万元，改造站台和候车室；铁道部调整了两趟列车的运行图，减少了11个停车站，使列车在内地段除技术作业停靠外，全程封闭运行，两趟列车的运行时间各压缩了一个多小时。两趟直通香港旅客列车口岸联检改革的成功实施，大大方便了内地和香港旅客的出行，为加强内地和香港的人员交流、繁荣香港经济发挥了不可替代的作用。