2003年，中科院以部署实施中科院新时期发展战略为重点，以进一步提高科技创新能力为中心，以机制与管理创新为动力，在转换创新价值观念、凝练科技创新目标、建设创新队伍和创新文化等方面取得了可喜的进展，在调整体制与学科结构、改革人事与分配激励制度、优化资源配置与来源结构等方面进行了成功的探索，取得了一批重大科技创新成果，知识创新工程试点工作进展顺利，态势喜人。
一、实施新时期发展战略，深入推进试点工作
（一）深化科技布局调整
中科院在若干新兴交叉领域新建了一批研究机构。2003年，经中编委批准，中科院新组建了青藏高原研究所、北京基因组研究所、国家纳米科学中心及光电研究院等4个具有法人地位的研究机构，并开始筹建广州生物医药与健康研究院（法人单位）；有5个机构变更了单位名称，上海原子核所更名为上海应用物理研究所，长沙农业现代化研究所更名为亚热带农业生态研究所，微电子中心更名为微电子研究所，武汉植物所更名为武汉植物园，华南植物所更名为华南植物园。此外，中科院还新建了沈阳界面材料研究中心、中国科学院沈阳、长春、上海、成都、广州、合肥技术转移中心等一批非法人机构。
截至2003年底，中科院直属事业单位116个，其中科研机构89个，学校3个，院机关及分院机关12个，支撑机构7个，新闻出版单位2个，其他单位3个。事业单位在编职工约4.4万人，其中专业技术人员约3万人，行政管理人员约5千人，工人约9千人。各类人员比例与2002年基本相当。至2003年底，中科院共设创新岗位1.8万个，其中，科研岗位占83%，管理岗位占8%，技术支撑人员占9%。科研岗位中，研究员的比例为23%。目前，近80%的创新岗位已聘任到位。
（二）加强人才培养和创新队伍建设
人才工作顺利推进。中科院调整了“百人计划”管理办法，实行“所自主决策，院择优支持”的新的招聘支持方式。全院通过“百人计划”全年共引进84人（从海外引进75人，国内引进9人），其中已有23人获“百人计划”择优支持，28位海外学者获“中国科学院海外杰出学者基金”。2003年，“西部之光”计划支持了49个项目和4名在职博士研究生。同时，中科院还与中组部、教育部、科技部共同组织实施了“西部之光”访问学者计划，计划用5年时间为西部地区培养1000名高水平科技骨干，目前，已有12个省的39位科技人员得到支持。
创新团队建设取得新进展。中科院制定了《中国科学院创新团队组建方案》，在原“海外知名学者”计划基础上，启动了“中国科学院创新团队国际合作伙伴计划”，并从人才专项经费中拿出2亿元支持35个团队建设，实现人才的强强联合，2003年已有8位海外知名学者入选。
加强科技创新与高级人才培养相结合。中科院加大了对研究生教育的支持，完成了研究生院与管理干部学院的整合工作。在国家学位授权点中，中科院新增一级学科7个，博士点7个，自行审批硕士点12个，人文、经济、管理等学科领域的学位授权点有了新的突破，院内共调整和增加博士培养点18个，硕士培养点26个。目前，中科院已形成了较完整的学位授权体系。2003年，全院录取研究生11530人，其中博士生5096人，硕士生6434人，全院在学研究生规模已达28220人；毕业研究生3202人，接收毕业生1799人；有16篇博士毕业生论文入选全国优秀博士论文，占全国的16.5%。中科院进一步支持中国科技大学建成一流研究型高水平大学，继续贯彻“全院办学，所系结合”方针，促进教育与科研的紧密结合，进一步推动与教育部、安徽省政府三方共建，探索新形势下加快中国科学技术大学建设的新思路和新途径。中国科大已全面启动和实施“十五”期间“211工程”建设，重点学科由6个增至11个。在2003年中国科学院院士增选中，中国科技大学有5名教授当选。本科毕业生中有77.4%被录取为国内外研究生。
继续加强留学派出和继续教育工作。2003年，中科院有58人获得国家留学基金资助公派出国留学。获得教育部留学回国启动基金资助28项。中科院制定了《中国科学院继续教育指南》等政策文件，进一步完善中科院继续教育制度体系。通过上岗培训、专题研讨、各类讲座、赴国（境）外培训、EMBA管理研究生课程研修等多种方式，对260多位局、所级领导干部进行了培训。
（三）加强创新平台建设
基础设施建设和园区改造得到加强。2002年至2003年，中科院15个地区性的园区建设项目的可行性报告全部获得国家批准，标志着“十五”期间中科院园区重点建设项目的部署工作基本完成。同时中科院还争取到对全部324个子项目的审批权，减少了在国家部门的审批环节。截至2003年，全院已完成509项科研教育基础设施改造建设项目的初步设计及概算的审批工作，占已立项项目的81.5%；批准科研教育基础设施改造建设项目624项，占拟部署项目总数的87.0%，总建筑面积315.8万平方米，其中新建191.0万平方米，改造124.8万平方米；总投资106.0亿元，其中国家投资68.4亿元，自筹资金37.6亿元，资金匹配比例1.8∶1。2003年，中科院新开工建设项目共计101个，总建筑面积51.8万平方米，其中新建面积21.3万平方米，改造面积30.5万平方米；竣工项目124个，总建筑面积70.0万平方米，其中新建面积29.1万平方米，改造面积40.9万平方米。
大科学工程和重点实验室建设进展显著。2003年，中科院“中国西南野生生物种质资源库”、“北京正负电子对撞机重大改造工程”、“上海光源”3个项目获得国家大科学工程建设项目立项，部分已开工建设。北京正负电子对撞机、兰州重离子加速器装置、HT-7超导托克马克装置、神光装置、遥感飞机、国家授时中心、遥感卫星地面站及合肥同步辐射装置等8大科学工程装置运行情况良好，在相关领域的研究工作取得一批重要成果，部分装置更新改造工程进展顺利。南京土壤所、遗传发育所、遥感应用所3个院重点实验室进行了升级国家重点实验室建设论证，昆明植物所植物化学与西南植物资源可持续利用国家重点实验室通过建设验收，新建院重点实验室边缘海地质实验室。制定了《中国科学院重点实验室评估规则（试行）》。
科技平台建设得到加强。中科院“十五”科研装备建设计划按照“整体规划，分年实施，总量控制，动态调整”原则，已完成了五年计划总额的74%，基本完成了16个开放共用的重点实验技术平台建设。为推动科研设备的共享共用，中科院启动了装备管理信息系统的研制和运行工作，为科技创新研究提供了有力的支持。通过专项安排，中科院进一步加快中国科学数字图书馆、生态环境野外台站和植物园网络建设，初步完成了“万种植物园”的建设，使西双版纳植物园成为世界上户外保存物种数最多的植物园之一。
信息化建设稳步推进。中科院根据建设21世纪“数字化科学院”的总体目标，“十五”信息化建设项目得以全面实施，并取得了可喜的成果。在信息化基础设施方面，院网已开通了到11个分院和合肥的155兆信道，国际出口带宽也已升至310兆；具有每秒5万亿次运算速度的深腾6800高性能计算机系统落户网络中心，超级计算能力达到了国际先进水平；科学数据库建设继续推进，已形成专业数据库313个，总数据量达8.2TB。在推进信息化的应用方面，ARP（中国科学院资源规划）项目已经完成前期的需求调研和相关的工程准备工作，经过认真、公正的遴选，确定了神州数码公司为系统总集成商；本着“统筹规划、分步实施、小步快跑”的原则，公文管理、政务信息管理等应用系统已投入实际应用；中国科学院网站、产业化信息网、中国科普博览等一批内容丰富、信息及时、形式新颖的门户网站得到完善，在对外宣传、科学传播、促进科技合作等方面发挥了重要作用，受到社会各界的广泛认可；远程教育系统已全面开通，推动了中科院研究生教育资源的共享；国内首例依托互联网的大型视频会议系统已在中科院基本建成，有效提高了工作效率和处理突发事件的应急协调指挥能力，信息化的组织管理体系得到了进一步的加强。
（四）加强科技管理创新
中科院启动《中国科学院章程》的研究起草工作，进一步推进了法制化建院和建所的进程。中科院正在逐步建立以《院章》为核心、以《中国科学院研究所所长负责制条例》、《中共中国科学院研究所基层组织工作条例》、《中国科学院研究所职工代表大会条例》等“三大条例”为基础的制度体系。
中科院制定了院机关全面实施全员岗位聘任制管理办法以及机关流动人员管理办法的补充规定，完成了机关新一轮岗位竞聘和续聘工作。指导分院改革，提出了进一步推动分院改革的举措。中科院出台了《关于加强技术支撑队伍建设的指导意见》，给予研究所合理设置或调整技术支撑岗位的数量和结构的自主权，努力建设一支相对稳定的以高级技术人员为主的专业化技术支撑队伍；完成了2002年法定代表人年薪制考核审批工作，核发了57个年薪制试点单位的法定代表人年薪；组织实施院杰出科技成就奖，颁布了《中国科学院杰出科技成就奖评审委员会工作条例（试行）》。
中科院在实践中不断完善体现“质重于量，分类评价，公开公正，科学严肃”原则的研究所评价体系，积极探索以研究所发展与绩效为主要依据的资源配置制度。中科院已将研究所试点经常性经费的一部分与其绩效和发展态势挂钩，同时，根据国家预算制度和国库支付制度改革的要求，通过自查自纠与抽查调研相结合，有效规范了研究所预算与财务管理。
二、学部和院士工作
（一）发挥科学思想库作用，开展国家中长期科技发展规划战略研究
学部已陆续完成关于“三农”问题、公共卫生问题、能源发展战略、空间科学前沿等十余个研究报告，为规划战略研究专题的设置提供了重要咨询意见，有效发挥学术监督和科技评估作用；同时，进一步加强咨询工作的顶层设计和组织力度，针对国家经济、社会、科技发展和国家安全中的重大问题，设立了学科发展战略研究、科学教育改革问题、国家安全问题以及西部发展战略重大咨询课题，先后向国务院提交了《关于改进和提高我国基础研究的建设》、《东南沿海经济快速发展地区环境污染状况调查及其治理对策》等7份咨询报告；加强同国家宏观决策和管理部门的联系与交流，完成了科技部、国家发改委委托的《国家科技计划（项目）评价体系研究》和《国家科技基础平台建设发展纲要咨询意见》等4份咨询报告，为有关部门的决策提供了全面科学的咨询意见和建议；积极关注国家经济社会可持续发展中的重大科技问题，向国务院报送了12份院士建议，得到国家领导和有关部门的高度重视。
（二）院士增选工作得到科技界乃至全社会的高度重视
学部主席团根据国家科技发展的新形势和院士增选工作中的新问题，为进一步优化院士队伍的年龄结构、促进国家科技事业持续健康发展，对《中国科学院院士增选工作实施细则》做了重大改革，包括将第一轮会议评审改为通信评审，限定被推荐人的年龄一般不超过65岁等，圆满完成了2003年院士增选工作，全国共有58位优秀的科学家当选为中国科学院院士，其中中科院研究系统有25人，另有5人当选为中国工程院院士。
（三）弘扬科学精神，加强科学道德建设
学部进一步加强道德委员会的领导力量，加大对院士队伍中科学道德典范的宣传和学习力度，完成了科学伦理与道德建设软课题的研究；学部进一步加强普及科学知识，传播科学思想，以“科学与中国”院士专家巡讲团为主线，在全国范围共组织了数十场报告会，69人次的院士和专家以现场报告会或电视节目的形式参加了此项活动。
学部成立了陈嘉庚科学奖基金会，并确定陈嘉庚科学奖的定位是：在设奖的相关学科领域内近几年取得或被认定的重大原始创新性成果、重大的科学发现或重大的技术发明。陈嘉庚科学奖的推荐和评审工作已经开始进行。
三、紧密围绕“两个面向”，科技创新取得重大进展
（一）急国家所急、经受住重大考验
面对SARS疫情，北京基因组所在国内率先完成了冠状病毒的分离和全基因组序列测定，研制出酶联免疫检测试剂并免费向社会提供了30万份试剂盒，为控制SARS疫情蔓延提供了有效手段，生物物理所利用遗传工程和高能所同步辐射光源生物大分子束线等研究手段，解析出世界上第一个SARS冠状病毒蛋白质的晶体结构；动物所成功构建SARS病毒DNA前期疫苗，正在进行恒河猴抗SARS动物模型基因疫苗的研究，检测结果显示在猴体内已发现抗体；微生物所优化了预防SARS的复合干扰素的生产新工艺，建立了快速、灵敏、准确的SARS血清质谱指纹图谱分析技术。上海生命科学院、武汉病毒所、微生物所、动物所等单位开展了联合攻关，在快速诊断、药物治疗和致病机理等方面取得了一系列成果。上海技物所等单位研制出若干预警监测技术设备，地理与资源所、遥感应用技术所等单位开发出预警预测方法，心理研究所等单位开展了广泛的心理咨询、调查与科普宣传。
（二）科技创新能力有了较大幅度提高，取得了一批重大科技创新成果
基础研究领域取得了一批重要成果。中科院成功合成新纳米结构管状石墨锥，在扫描探针显微学、场电子发射器件、纳米加工以及生物化学等领域有广泛的应用前景；成功合成了107号超重元素的新同位素265Bh；在实验中观测到超强激光脉冲与物质相互作用产生的双束高能电子发射现象，该结果对于激光核聚变研究以及探索无污染X源应用方面具有重要意义；制备出全pH范围内超疏水的碳纤维纳米材料，得到国际同行广泛关注；量子力学对称性研究在信息科学中的潜在应用方面取得突破；开发了自主产权的数学机械化自动推理平台，实现了若干数学问题与高科技问题的自动求解，将为科研、工程中的脑力劳动提供有力工具。
生命科学和生物技术领域做出了一批创新贡献。中科院开创性地培养出了人兔间核转移胚胎干细胞，为今后再生医学和治疗性克隆提供了基础；通过遗传图谱定位克隆技术分离鉴定了水稻MOC1分蘖基因和BC1脆秆基因，在农业生产上具有重要应用价值；完成了家蚕基因组的全序列测定工作，使中国继人类基因组1%测序、水稻基因组测序之后，向人类贡献第三大基因组研究成果；治疗艾滋病的新药“复方SH”在泰国完成了III期临床研究，治疗效果明显，目前新药申报工作已获得泰国FDA专家组的评审通过，待正式批准后将投入批量生产。在世界上首次获得体细胞克隆大鼠，将有助于研究癌症、糖尿病和高血压等慢性疾病；成功制备抑制肿瘤血管生长的新抗体，为癌症病人的治疗带来希望；发现Rho家族小G-蛋白质在调节细胞骨架、神经纤维生长导向方面起重要作用；猕猴桃新品种“金桃”的繁殖权转让影响了国际市场格局，体现了与国际接轨的知识产权保护的成功运作。在基因组领域和神经科学领域开始接受《科学》的撰写综述的邀请，表明中国该领域在国际上具有重要影响。
资源环境和社会可持续发展研究领域为解决国家发展的重大科技问题提供了一定的支撑。中科院从事的青藏铁路冻土路基稳定性研究继续取得进展，开展了北麓河试验段冻土路基野外试验和示范，铁路通讯与雷电防护技术、干扰地段植被恢复技术等研究，并建立了工程稳定性监测系统，有关技术标准已在青藏铁路建设中全面应用；最新研制的高分辨率雷达成像系统和航空遥感系统，在2003年洪涝灾害最严重的淮河中游地区成功地进行了应用，为灾情评估提供了准确详实的图像和数据，为抗洪救灾、灾后重建提供了决策依据；鸟类飞行起源研究取得重大突破；提出西北气候由暖干向暖湿转型的科学推断引起广泛关注，系统划分了西部生态经济区，确定了西部大开发的重点经济带及空间范围；提出“东南亚气候系统”新概念，为中国旱涝灾害的预测提出新思路；罗布泊地区油气与盐类资源形成演化规律研究等方面也取得积极进展；有毒化学污染物形态测定的新技术开发取得突破性进展；研究三峡大坝蓄水后濒危鱼类物种和保护对策以及预测三峡库区生物多样性的变化趋势，受到国际关注。
高技术研究发展领域成果显著。中科院承担了中国载人航天应用系统总体工作，研制成功“神舟五号”主要有效载荷及飞船配套的一批关键材料与器件，承担了空间环境预报保障工作；成功研制并发射了中国首颗低轨道通信技术试验小卫星“创新一号”，在微小卫星通信关键技术上取得了重要突破，卫星工作平台平稳，有效载荷工作正常，整星状态良好，设计功能全部实现，该成果标志着中国低轨数据通讯小卫星技术进入开发应用阶段，对中国小卫星技术发展起到了重要推动作用；量子通信在普通光纤中实现了量子密钥传输50公里，基于量子密码的保密通信系统实现了加密的动态图像通过普通光纤实时传送；煤基合成液体燃料浆态床工业化技术的开发中间试验取得重要进展，已初步具备建设示范厂的技术条件；“龙芯二号”CPU芯片初步流片成功，是完全兼容MIPSIII指令系统的64位高性能通用CPU芯片，比2002年“龙芯一号”性能提高了10倍以上；成功研制了中国当前最大的百万亿数据处理超级服务器——曙光4000L超级服务器，该款产品被誉为超级服务器中的“航空母舰”，不但具备百万亿字节的数据处理能力，而且在支持数据密集应用的技术上实现了多项重大突破；利用金属材料的表面纳米化技术在解决金属材料的表面氮化的重大技术难题上取得突破进展；能量自给型的城市生活垃圾堆肥系统关键技术研究及示范工程的建设取得重要进展，该系统已连续运行20多个月，已为其他19个城市和地区编写城市生活垃圾处理的可行性报告和商业计划书；成功开发出具有国际先进水平和广阔开发前景的两个高效油菜田除草剂新品种，获得国家知识产权局的授权，并同时申请了相应的国际发明专利。
（三）科技产出质量和数量稳中有升
在2003年度国家科技奖励中，中科院刘东生先生获2003年度国家最高科技奖，成为继吴文俊、黄昆先生之后中科院第三位获得这一奖项的科学家。中科院空间科学与应用总体部、空间科学与应用研究中心、上海技物所、力学所和长春光机所在授予的2003年度国家科技进步特等奖“中国载人航天工程”中，分别排第三、第四、第五、第六和第十主要完成单位。按第一完成单位或第一完成人统计，中科院共获得2003年度国家科技成果奖16项，自然科学奖6项，其中南京地质古生物研究所“澄江生物群和寒武纪大爆发”获自然科学一等奖；技术发明二等奖1项；科技进步二等奖9项。
据中国科学技术信息研究所公布的“2002年度中国科技论文统计结果”，在全国科研机构中，被SCI收录的论文数和国际被引用论文数居前20名的单位均为中科院研究机构。EI收录论文数、ISTP收录论文数居前20名的单位，中科院均占19个。中国科学家作为第一作者在《科学》和《自然》发表的15篇论文中，中科院有11篇。
2003年，全院申请专利3263件，其中国内申请3210件（其中发明2617件，占81.5%），国际专利53件；专利授权1534件，其中国内专利1522件（其中发明1055件，占69.3%），国际专利12件。专利申请和授权量分别比上年增长29.3%和52.1%。
（四）促进高技术产业可持续发展
中科院加强科技成果转化力度，实施了规模产业化专项行动，并制定了“中国科学院技术创新规模产业化专项行动资金”管理办法。同时，中科院还拟定了振兴东北老工业基地行动计划，以沈阳分院、长春分院为依托成立了“振兴办公室”。中科院继续推进后勤服务社会化改革。
中科院在基本完成院、所投资企业股份制改造的基础上，继续为进一步推动企业社会化作了大量基础性准备工作。继续深化改革，以产权社会化为突破口，促进与社会优势资源的优化组合，加快高技术产业的规模化发展。长春热缩公司完成1.32亿元的股权转让，长春应化所降为第三大股东，股比为11.82%。院投资企业深圳科健集团公司（含上市公司中国科健）、中科大洋公司的股权已经全部转让。“中科合臣”已在沪挂牌交易，使中科院上市公司总数增至8家。
2003年院所投资企业营业收入达533.7亿元，同比增长7.8%；利税34亿元，其中税15.9亿元，净利润20.3亿元；所有者权益154.4亿元，其中院属权益82.18亿元。12家转制单位营业收入7.1亿元，同比增长19.2%，净利润0.66亿元，所有者权益5.9亿元，其中院属权益5.1亿元。
四、正确处理改革、发展与稳定的关系，各项事业稳步推进
（一）重大项目的承担和部署
2003年，国家“973”计划立项26项，中科院作为依托部门的项目有6项，占立项总数的23%。国家重大基础研究前期研究专项立项333项，中科院有92项，占27.6%。国家自然科学基金面上项目和重点项目资助经费16.8亿元，中科院共获资助经费3.7亿元，占全国22%，其中，中科院获得重点项目资助经费近1.6亿元，占全国43%，面上项目经费近2.2亿元，约占全国16%。在基金委当年新批准的全国20个“创新研究群体”中，中科院有9个，占45%；在新批准的160位国家杰出青年基金资助者中，中科院有58位，占36%。
中科院继续实施科技创新战略行动计划，新部署了“万吨级铬盐清洁生产技术优化集成与标志性工程建设”等2项重大创新项目，至此，二期创新重大项目的部署工作已基本完成，共部署了重大项目22项，已部署重要方向项目212项。
2003年，中科院对14个重大项目进行了中期评估，完成了11个重大项目的结题验收。
（二）科普工作
中科院继续加强国家发展战略研究和科技传播工作，完成了中国科学院科学与社会系列《2003年科学发展报告》、《2003年中国可持续发展战略报告》、《2003年高技术发展报告》三大报告，在社会上产生广泛影响。承担了2003年国家科技周网上展览任务，在各类媒体上开展航空百年和中国首次载人航天的系列展览和宣传，与英国大使馆共同举办了纪念DNA发现50周年科学展览。充分利用社会科普资源和机制，开展“科普报告西北行”，以及联合中宣部、科技部组织开展了院士专家“科技西部行”等形式多样、生动活泼的科普活动。举办各类科普活动和报告会数千场，同时，进一步整合科普资源，加强了科普网络建设。为配合国家科普事业发展减免税收政策出台，在中科院组织开展了大量调研工作，提供了政策及数字依据。
（三）合作与交流
中科院进一步加强院地合作，促进科技与经济结合。在推动重点区域经济合作方面，加强了与珠江三角洲、长江三角洲合作，积极参与振兴东北老工业基地建设，各项工作取得积极进展。据统计，1996年以来中科院转移到地方并已经产生经济效益的科技成果为1300项，2003年度销售收入为312.4亿元，同比增长28.5%；利税总额59.5亿元，同比增长19.0%；其中，年销售收入在1亿元以上的项目67个，同比增长28.9%。研究所（不含转制单位）取得的横向收入10.9亿元。截至2003年，中科院已与26个省（自治区、直辖市）、26个地县级市、6大企业集团建立了全面合作关系。与地方共建科技园区56个，工程研发中心31个，实验室39个。在各类项目对接洽谈会上，中科院近400项科技成果签约，合同额约10亿元。中科院向地方选派科技副职124人，提前实现中科院提出的5年内累计达到1000人的目标。科技副职工作在推动成果转化和地方经济发展的同时，也带动了工程中心、实验室以及研究生教育基地的共建工作。2003年科技副职为各地引进推广项目864项，技术攻关项目788项，其中推广中科院项目446项，项目总投资180多亿，利税近17亿。
与国际和港台地区的科技合作不断深化。2003年，新签、续签院级协议12个，召开多边与双边国际会议60多个。中科院成功组织召开第三世界科学院大会，来自70多个国家的500余名代表出席，包括40余位各国的科技部部长、科学院院长、国际科技组织负责人。中科院与欧盟就SARS等新生疾病的研究以及高等级生物安全实验室建设方面开展专项合作，开展中欧“双星合作计划”，组建国际化、开放型的研究机构，成立了第三世界科学院东亚与东南亚区域中心。举办了“中俄两院合作十周年”大型活动。主持召开了中美能源研讨会。路甬祥院长访问澳大利亚和德国，开辟了中澳、中德科技合作的新局面。举办了10余个海峡两岸和内地与香港学术交流会议。召开了全院国际科技合作高层战略研讨会，开展国际科技合作战略的研究和制订。
