《南水北调工程总体规划》充分考虑了生态保护和治污问题。

    南水北调工程生态环境保护规划重点研究了东线第一期工程和中线第一期工程对长江口海水入侵影响、中线工程对汉江中下游生态环境的影响以及东线治污规划。分析论证表明，不存在制约南水北调工程兴建的生态环境因素。

    长江口海水入侵问题是因潮汐活动所致、长期存在的自然现象，也受到人类活动的影响。从三条调水线路的情况分析，西线、中线工程由于有三峡工程、洞庭湖、鄱阳湖等一系列水库和湖泊的调节，对长江口海水入侵影响不大。东线工程通过采取工程措施和非工程措施，加强水资源的统一管理和长江口的综合治理，可基本消除对长江口海水入侵的不利影响。另外，长江三峡工程建成运行后，在每年1～4月的枯水期，长江下游流量将增加1000～2000立方米每秒，可在较大程度上降低枯水期长江入海口海水入侵的可能性。

    中线工程对汉江中下游的影响，可以通过兴建引江济汉工程、兴隆枢纽、部分闸站改造、局部航道整治四项汉江中下游治理工程，改善灌溉、航运和生态用水条件，减少这种不利影响，并将其控制在生态环境可承受的范围内。

    在东线工程受水区、输水区及其相关水域内，将分别实施清水廊道工程、用水保障工程及水质改善工程。规划建设369项工程，总投资240亿元人民币，其中第一期工程为140亿元。为了保证东线工程的水质，总体规划还史无前例地把东线工程水污染的治理费用列入南水北调工程的总投入。

    经治理后，输水干线和用水规划区的水质可达到国家地表水环境质量Ⅲ类标准。（南水北调办提供）