办法规定：

    中央水利建设基金是指经国务院批准筹集的专门用于水利建设的政府性基金。中央水利建设基金纳入中央预算管理，专款专用，年终结余可结转下年度继续使用。中央水利建设基金实行财政预、决算制度。中央水利建设基金使用包括两部分：一是大江大河大湖治理工程支出；二是防洪工程支出（包括应急度汛支出，下同）。中央水利建设基金用于大江大河大湖治理工程支出的范围是：大江大河大湖治理工程建设；大型水利枢纽工程建设；跨流域调水工程建设；大江大河的上游综合治理和中下游清淤及流域内蓄滞洪区安全建设；防汛预警指挥系统建设；其他经国务院批准的重点水利工程建设。中央水利建设基金用于防洪工程支出的范围是：大江大河大湖和重点水库堤防、涵闸等防洪工程的运行维护、防汛抢险和水毁修复；水文、通讯设施的运行维护和水毁修复；蓄滞洪区预警反馈器材、临时救生器材的购置；防汛机动抢险队的补助；防汛必要的方案修订、宣传等；其他符合《中央级防汛岁修经费使用管理办法》和《特大防汛抗旱补助费使用管理暂行办法》规定的支出。其中用于应急度汛的支出是指以上范围内影响当年度汛安全而采取的工程措施和非工程措施所安排的支出。

    中央水利建设基金的拨付，要严格执行先收后支的原则。中央水利建设基金用于大江大河大湖治理工程等基本建设部分要严格按照国家有关基本建设管理的规定执行。中央水利建设基金安排用于防洪工程支出的部分，其使用管理比照《特大防汛抗旱补助费使用管理暂行办法》、《中央级防汛岁修经费使用管理暂行办法》中的有关规定执行。用于中央直管防洪工程的，由水利部向财政部申请拨款，财政部审核同意后向水利部拨付资金。用于补助地方管理的国家重点防洪工程的，由各省（自治区、直辖市）人民政府向国务院或各省（自治区、直辖市）人民政府委托财政厅（局）、水利厅（局）联合向财政部和水利部提出申请。财政部商水利部确定补助数额后，由财政部直接拨付给有关省（自治区、直辖市）财政厅（局），并由省级财政部门商水利部门具体安排使用。地方财政部门和水利部门要加强对这部分资金使用的管理，年度终了后，省（自治区、直辖市）财政厅（局）和水利厅（局）要对资金的使用情况进行总结，并连同省（自治区、直辖市）特大防汛抗旱补助费的使用情况总结报送财政部和水利部。中央水利建设基金的使用管理应接受财政、审计、计划等部门的监督。财政部驻各地财政监察专员办事机构就地负责日常监督。凡截留、挤占或挪用中央水利建设基金的，按有关法律、法规论处。（财政部提供）