国务院正式批准全面实施“高等学校本科教学质量与教学改革工程”，中央财政将专项支持高等学校深化教学改革，提高教学质量。启动万种教材建设计划，评选表彰高等学校教学名师，开展工程教育、医学教育专业认证试点，大学英语教学改革、国家精品课程、实验教学示范中心建设扎实推进，继续推进对口支援西部地区高等学校计划。高等学校教学评估体系建设日趋完善，本科教学评估工作成效显著，以评促建，以评促改，有力地促进了教学质量的提高。“国家示范性高等职业院校建设计划”全面启动，2006年确定了28所高等职业院校立项建设。高水平大学和重点学科建设工作继续推进。

    高校在建设创新型国家中的重要作用更加凸显。为贯彻落实全国科学技术大会精神，教育部研究制订《关于加强研究型大学建设增强高等学校自主创新能力的若干意见》等9项国家中长期科技规划纲要配套政策实施细则。高校科技创新实力持续增强。2006年，高校作为首席科学家承担“973计划”项目29项，占总数的44.6%。高校承担“863计划”各类项目1504项，占总数的56.9%。高校获得国家杰出青年科学基金106项，占总数的66.3%。高校获得国家自然科学奖一等奖2项，国家技术发明奖一等奖1项，国家科技进步奖一等奖2项。教育信息化建设取得重要进展，中国下一代互联网示范工程CNGI-CETNET2和中国教育科研网格ChinaGrid走在世界前列。高校在推动国家创新体系建设、提高自主创新能力、建设和谐社会方面正在发挥着愈来愈重要的作用。积极参与马克思主义理论研究和建设工程，推进高校哲学社会科学繁荣计划，加强人文社会科学重点研究基地建设，高校哲学社会科学教学科研骨干的培训工作取得了良好的成效。