2006年，教育部组织实施研究生教育创新计划项目97个。其中，全国博士生学术论坛13个，4000多名博士研究生参加了论坛的学术交流活动；全国研究生暑期学校14个，2000多名研究生、青年教师和研究人员参加了课程学习；资助35所高校和科研院所接受校外博士生3000多人来本校重点学科和重点实验室访学研究；支持13所高校在校内外建设研究生创新中心，为研究生创新研究提供平台；支持16所高校进行了研究生培养模式改革的探索；其他项目6项。汇编出版了《2003─2005研究生教育创新计划实施报告》，总结了研究生创新计划实施以来取得的成绩、经验和典型，对推进研究生教育创新产生了积极作用。与国家自然科学基金委员会联合召开了全国研究生暑期学校工作会议，全面总结、交流暑期学校的办学经验，统筹规划“十一五”的办学计划和思路；签定了《教育部学位管理与研究生教育司、国家自然科学基金委员会计划局关于共同举办研究生暑期学校的协议书》，决定在“十一五”期间扩大全国研究生暑期学校的学科领域和支持力度。下发了《关于加强研究生教育创新计划区域合作的意见》，积极推动各地方学位与研究生教育主管部门实施本地区的研究生教育创新计划，形成多种类型、多种层次的研究生教育创新体系。同时，各研究生培养单位还实施了多种多样的研究生教育创新计划，加大经费投入，涉及课程改革、培养机制改革、科技创新、开放实验室建设、国际联合培养、导师培训等多个方面。研究生教育创新计划在增加项目数量，拓宽项目内容的同时，也进一步提高了项目完成质量，规范了项目管理，完善了项目跟踪评价体系。多层次、多类型、全方位的研究生教育创新活动进一步深化，全国博士生学术论坛、全国研究生暑期学校成为研究生教育中的品牌项目，逐渐形成了着重创新能力培养，进一步提高研究生培养质量的良好氛围。