转制院所最为突出的问题是，所承担的具有战略意义重大研发项目的作用和为行业技术服务的能力普遍减弱。

    主要原因是院所转制后变成名副其实的企业，普遍把精力聚焦在市场上，追求利益最大化，考虑长远利益和国家目标较少，无力顾及行业共性技术研发和服务；具有一定研发创新能力和产业化实力的行业大院大所，虽然在生存上不存在问题，经济效益甚至比转制以前还要好，但多半也是吃老本，有的已经显现出技术储备和后续研发能力不足的苗头；转制院所由原来为行业企业提供技术服务转变为与同行业企业进行竞争，其最好的技术成果只会给自己专用，不会扩散到整个行业。

    国家应加强组织和领导，将转制院所科研工作纳入到国家研发创新的战略规划之中，并明确有关部门指导、协调其研发方向和内容，使其逐步担负起重大工程技术、应用基础研究和行业共性技术方面的引领作用。

    建立若干个行业前沿、关键、共性技术的研发基地。在“十一五”期间，加强战略研究力量的集成，在院所改革的基础上，以仍有一定实力的行业大院大所为依托，整合有关方面科研力量，重组形成若干个类似美国国家实验室那样的国家级行业前沿、关键、共性技术研发基地，专门承担行业应用基础研究、高技术研究、公益性技术研究、关键技术装备研究和开发的任务，培养和稳定一批专门的研发人才。