进入“十一五”时期，在厦门市委、市政府的高度重视下，市科技工作迎来了一个快速发展的新时期。政府科技投入连续两年大幅增长，科技平台建设取得重大突破，创新项目取得了丰硕成果。

　　2006年、2007年是厦门市财政科技投入增长最快的两年。2006年，市政府在科技投入法定增长的基础上，增加了1亿元用于重大科技基础设施投入，使市科技局当年安排的科技创新与研发资金总额达到2.21亿元，比增211.27%。2007年，市科技局当年安排的科技创新与研发资金总额达到2.54亿元，比增14.93%。

　　2006年、2007年两年厦门市还从国家科技部等部门争取到科研经费共2.67亿元。

　　近两年，厦门市投入2.51亿元建设十大科技平台，带动企业、科研院所等社会投入共计16.29亿元；2006年资助88项企业项目3570万元，引导企业投入共计17.62亿元。2007年资助98项企业项目3500万元，引导企业投入17.89亿元。

　　高投入也带动了科技创新。厦门市多家企业获得了国家级工程技术中心、国家科技支撑计划项目认定。2006年、2007年两年市登记的科技成果分别达到127项和138项，连创历年新高。

　　2008年厦门市财政科技投入将再创新高。预计今年科技创新与研发资金将可达3亿元的规模。为了将资金使用得更科学更有效，对市科技计划项目的评定进行了重大的改革。首先是由每年集中申报一次、评审1—2次的做法改为常年受理、分类多次评审；二是规范项目申报管理。将科技型中小企业技术创新资金项目统一纳入市科技计划项目范畴；三是鼓励高校、科研院所等企事业单位开放大型科学仪器设备，资源共享；同时将资助领域和网上申报方式进行了科学调整。