近年，福建省实施了全省环境监测体系一、二期工程，各级环境监测站仪器设备总值从2000年约0.4亿元增至目前的2.3亿元。目前，全省已经建立了三个水环境监测监控体系。

    一是流域水环境监测体系。在主要水系设置134个省控监测断面，在117个主要水源地布设省控监测点，在主要湖库和城市内河分别设置了11个、29个省控监测点（断面）。在重点流域的设区市交界断面、入海断面建设了10个水质自动监测站，实施连续自动监测。各市、县（区）也分别设置市、县控监测断面分级监测。

    二是重点污染源监测体系。在152家省重点排污单位安装了在线监控设备，进行连续在线监控，并将监控信号联网至省环保局。

    三是环境应急监测体系。省、市、县三级环境监察机构新配备了近百部环境监察车辆，省环境监测中心站和福州、厦门、泉州、漳州、龙岩市还配备了环境应急监测车；各级环保部门制定了突发环境事故应急预案，开展应急演练，基本形成了覆盖全省的应急监测网络。