一是组织协调机制。在管理方式上，跨设区市域的闽江、九龙江、敖江流域整治由省里组织实施，闽江、九龙江流域整治两次被列为福建省委省政府为民办事项目；其他流域由所在设区市组织。在组织机构上，成立省环境保护委员会，建立流域整治联席会议制度；各市、县（区）也都成立相应机构，定期研究部署工作。

    二是责任考核机制。福建省政府在实施设区市市长环保目标责任书考核、市县（区）政府环保年度考核，建立环保约谈告诫制度的同时，建立闽江、九龙江流域整治工作考核通报制度，将年度水质情况、整治任务完成情况与当地政府环保实绩考核和次年环保专项资金补助挂钩。

    三是资金投入机制。全省污染防治资金、省直部门专项资金和各地财政加大对重点流域治理的投入。此外，从2003年起省里就探索建立生态受益地区向生态保护地区提供生态补偿的机制，建立了闽江、九龙江、晋江流域上下游生态补偿制度，生态公益林补偿制度和矿山生态恢复保证金制度。福建省闽江、九龙江流域已被环保部列为国内实施生态补偿的第一批6个试点区域之一。

    四是综合管理机制。在加强对环境违法行为查处的同时，注重运用经济手段改变“企业环境守法成本高、违法成本低”的状况。如，实行污水处理厂处理合格率与运营费挂钩政策；落实“绿色金融”政策，严格对违法企业的信贷控制；对污水处理厂及其配套管网建设滞后的地方、开发区实行区域“限批”。