6月3日凌晨，部分解放军戒严部队奉命进驻北京城内的一些重点保卫目标。

    6月4日凌晨4时半，戒严部队开始对天安门广场实行清场。约5时左右，广场上的学生开始撤离，戒严部队同时进驻天安门广场。至5时半，整个清场过程结束。

    6月5日，中共中央、国务院发表《告全体共产党员和全国人民书》。

    6月7日，中共中央纪律检查委员会发出《关于严明党的纪律维护党的团结统一的通知》。

    6月9日，中央军委主席邓小平在接见人民解放军戒严部队军以上干部时发表重要讲话。邓小平指出：这场风波迟早要来。这是国际的大气候和中国自己的小气候所决定了的，是一定要来的，是不以人们的意志为转移的，只不过是迟早的问题，大小的问题。而现在来，对我们比较有利。最有利的是，我们有一大批老同志健在，他们经历的风波多，懂得事情的利害关系，他们是支持对暴乱采取坚决行动的。虽然有一些同志一时还不理解，但最终是会理解的，会支持中央这个决定的。邓小平说：这次事件爆发出来，很值得我们思索，促使我们很冷静地考虑一下过去，也考虑一下未来。也许这件坏事会使我们改革开放的步子迈得更稳、更好，甚至于更快，使我们的失误纠正得更快，使我们的长处发扬得更好。接着，邓小平讲到两个问题。第一个问题，党的十一届三中全会制定的路线方针政策，包括我们发展战略的“三部曲”，正确不正确?是不是因为发生了这次动乱，我们制定的路线方针政策的正确性就发生了问题?我们的目标是不是一个“左”的目标?是否还要继续用它作为我们今后奋斗的目标?；这些大的问题，必须作出明确、肯定的回答。邓小平认为：我们所制定的战略目标，现在至少不能说是失败的。不能因为这次事件的发生，就说我们的战略目标错了。第二个问题，党的十三大概括的“一个中心、两个基本点”对不对?两个基本点，即四个坚持和改革开放，是不是错了?邓小平说：我最近总在想这个问题。我们没有错。四个坚持本身没有错，如果说有错误的话，就是坚持四项基本原则还不够一贯，没有把它作为基本思想来教育人民，教育学生，教育全体干部和共产党员。这次事件的性质，就是资产阶级自由化和四个坚持的对立。四个坚持、思想政治工作、反对资产阶级自由化、反对精神污染，我们不是没有讲，而是缺乏一贯性，没有行动，甚至讲得都很少。邓小平严肃地指出：“十年最大的失误是教育，这里我主要是讲思想政治教育，不单纯是对学校、青年学生，是泛指对人民的教育。对于艰苦创业，对于中国是个什么样的国家，将要变成一个什么样的国家，这种教育都很少，这是我们很大的失误。”邓小平还指出：改革开放这个基本点也没有错。十年改革开放的成绩要充分估计够。但今天回头来看，出现了明显的不足，一手比较硬，一手比较软。一硬一软不相称，配合得不好。最后，邓小平做出总结：以后我们怎么办?我说，我们原来制定的基本路线、方针、政策，照样干下去，坚定不移地干下去。除了个别语言有的需要变动一下，基本路线和基本方针、政策都不变。要坚定不移地执行党的十一届三中全会以来制定的一系列路线方针政策，要认真总结经验，对的要继续坚持，失误的要纠正，不足的更加点劲。总之，要总结现在，看到未来。

    6月16日，邓小平在同中央几位负责同志谈话时指出：任何一个领导集体都要有一个核心，没有核心的领导是靠不住的。第三代的领导集体也必须有一个核心，这一点所有在座的同志都要以高度的自觉性来理解和处理。要有意识地维护一个核心．，也就是现在大家同意的江泽民同志。邓小平还提出了近期要抓的几项工作：一是经济不能滑坡；二是做几件使人民满意的事情；三是平息暴乱抓到底。

    6月23日至24日，中共十三届四中全会在北京举行。在此之前，中共中央政治局于6月19日至21日举行扩大会议，批评了赵紫阳的错误，为这次全会的召开作了准备。全会通过《关于赵紫阳同志在反党反社会主义的动乱中所犯错误的报告》。全会认为：赵紫阳在关系党和国家生死存亡的关键时刻犯了支持动乱和分裂党的错误，对动乱的形成和发展负有不可推卸的责任，其错误的性质和造成的后果是极为严重的。他在担任党和国家重要领导职务期间，虽然在改革开放和经济工作方面做了一些有益的工作，但是在指导思想上和实际工作中也有明显失误。鉴于赵紫阳的上述错误，全会决定：撤销他的中央委员会总书记、中央政治局常务委员会委员、中央政治局委员、中央委员会委员和党的中央军事委员会第一副主席等项职务，对他的问题继续进行审查。全会选举江泽民为中央委员会总书记；增选江泽民、宋平、李瑞环为中央政治局常务委员会委员；决定增补李瑞环、丁关根为中央书记处书记；免去胡启立的中央政治局常务委员会委员、中央政治局委员、中央书记处书记职务，免去芮杏文、阎明复的中央书记处书记职务。全会提出，当前要特别注意抓好四件大事：一是彻底制止动乱、平息反革命暴乱，严格区分两类不同性质的矛盾，进一步稳定全国局势；二是继续搞好治理整顿，更好地坚持改革开放，促进经济持续、稳定、协调发展；三是认真加强思想政治工作，努力开展爱国主义、社会主义、独立自主、艰苦奋斗的教育，切实反对资产阶级自由化； 四是大力加强党的建设，大力加强民主和法制建设，坚决惩治腐败，切实做好几件人民普遍关心的事情，决不辜负人民对党的期望。江泽民在全会上讲话说：这次中央领导核心作了一些人事调整，但是，党的十一届三中全会以来的路线和基本政策没有变，必须继续贯彻执行。在这个最基本的问题上，我要十分明确地讲两句话：一句是坚定不移，毫不动摇；一句是全面执行，一以贯之。

    6月24日，中国共产党中央顾问委员会第四次全体会议和中央纪律检查委员会第四次全体会议分别在北京召开。

    6月28日，中共中央在中南海怀仁堂召开党外人士座谈会，中共中央政治局常委江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环出席。会议由李鹏主持。江泽民就社会上普遍关心的问题发表重要讲话。江泽民指出：要继续坚持以经济建设为中心，搞好经济工作。中国改革开放的总方针和总政策决不会变；不仅不会变，而且要更好、更有效地坚持改革开放，使这一伟大事业前进得更稳更好甚至更快。江泽民还强调：要继续坚持共产党领导的多党合作制和政治协商制度，更好地发挥人民政协、各民主党派、各人民团体在国家政治生活中的作用。

    6月29日至7月6日，第七届全国人大常委会第八次会议在北京举行。会议根据宪法第六十七条第十项的规定和中华人民共和国中央军事委员会主席邓小平的提请，经过委员表决，决定撤销赵紫阳的中华人民共和国中央军事委员会副主席职务。会议还通过关于制止动乱和平息反革命暴乱的决议，通过批准1988年国家决算的决议。会议初步审议了国务院提请审议的《中华人民共和国集会游行示威法(草案)》，决定公布这个草案，广泛征求各界意见，研究修改，再提请全国人大常委会会议审议。